Une "basilique" dédiée à Saint-Etienne est citée à Estoher dans un document de 879 dans lequel les moines de saint André d'Eixalada reconstituent leurs titres de propriété après l'inondation de la Têt qui détruisit leurs archives. L'édifice a dû être reconstruit à l'époque romane car en 1204, Pierre de Domanova le tient pour le compte de Guillaume, comte de Castellnou, à titre d'éventuelle forteresse.
Du premier édifice roman, il ne subsiste presque rien à part un arc en plein-cintre à la base du clocher. L'actuelle église, toujours sous le vocable de Saint-Etienne, a été reconstruite à la limite du 16e et du 17e siècle, époque où l'édifice menaçait ruine. En 1586, Jean Costa, propriétaire à Estoher, lègue 10 livres "petr obs i necessitas de obrardita sgelesia". Le 24 janvier 1601, lors d'une réunion de l'université des hommes d'Estoher, le consul en premier, Jean Catala, rappelle que la population doit payer chaque année à Montserrat Valentin Vilar, de St Marçal, 25 livres en remboursement des 500 qu'elle lui a emprunté pour réédifier l'église (reconstruction en train de s'effectuer) car il y avait danger d'écroulement.
D'après la correspondance de la marguillerie, en 1827, le clocher et le pavé de l'église étaient en très mauvais état et nécessitaient des réparations urgentes. En 1837, l'ensemble de l'église est encore déclarée délabrée, particulièrement le choeur. Les visites paroissiales de 1887 et 1912 mentionnent toujours des problèmes sur la voûte et sur la toiture.
De novembre 1922 à janvier 1923 eurent lieu des travaux d'embellissement de léglise et de réparation de la sacristie financés par M. Jacques Illes, propriétaire à Estoher, pour satisfaire une promesse faite à Dieu pendant la guerre 1914-1918. Pour les fêtes de Pâques 1923, de nouvelles statues en plâtre furent bénies et placées sur le maître-autel.
Une confrérie du Rosaire, qui fut fondée en 1651, existait encore au 19e siècle mais sans titre d'érection. Elle fut érigée canoniquement dans l'église le 2 janvier 1909. Les processions solennelles du Saint Rosaire avaient lieu chaque 2e dimanche de mai et chaque 1er dimanche d'octobre. Toutefois, par arrêté municipal du 26 mars 1910, les processions furent interdites sur le territoire de la commune d'Estoher, en vertu de la loi du 5 avril 1884 pour « assurer la tranquillité publique dans les rues ». Le desservant fut chassé de lancien presbytère en avril 1921 sur décision du maire élu en 1919, Gaudérique Paillès. Des paroissiens fournirent alors le terrain et largent nécessaires à la construction dun nouveau presbytère qui fut construit par un maître-maçon d'Estoher, Sauveur Parès, sous la direction dun architecte de Perpignan, Henri Sicart.
La paroisse Saint-Etienne d'Estoher englobe deux anciennes paroisses antérieures à la Révolution : celle de Saint-Sauveur de Llechs et celle de Saint-Jean de Seners.
L'église possède actuellement quatre cloches, deux dans le lanternon métallique à l'extérieur, et deux à l'intérieur du clocher. L'une fut bénie en 1685, deux au 19e siècle et l'une refondue en 1948 après avoir été fêlée lors des réjouissances de la Libération. Deux cloches avaient été bénies au 18e siècle : une en 1749 sous le vocable de saint Etienne et sainte Eulalie et une en 1753 sous le vocable de Notre-Dame. Ces deux cloches semblent avoir été remplacées au 19e siècle.
