Entre 950 et le début du 11e siècle (les datations varient selon les copies de la charte) Guillaume Auriol, fils d'Auriol, seigneur d'Aure, et de Faquilène, fille d'Arnaud d'Astarac, fait don à l'abbaye bénédictine de Simorre (Gers) de deux villae de Gascogne et du lieu de Salangolino, avec son église, consacrée à l'apôtre Pierre.
Quelques décennies plus tard, Arnaud II d'Astarac, alors comte d'Aure, confirme la donation à Simorre du "monastère" de Sarrancolin. Le changement de dénomination de l'église pourrait indiquer une implantation locale des bénédictins.
Très vite, à côté du vocable de saint Pierre on trouve celui de saint Ebons ou Pons, moine noir de l'abbaye de Conques en Rouergue, devenu évêque de Barbastro (Espagne, Aragon) au début du 12e siècle. Selon la tradition, c'est lors du retour d'un voyage à Rome qu'Ebons meurt à Saint-Bertrand-de-Comminges en septembre 1104. Conformément à ses volontés, sa dépouille est inhumée "en terre bénédictine", à Sarrancolin. Devenues objet d'un culte important, ses reliques sont transférées au 14e siècle dans une châsse en cuivre émaillé (IM65000879).
Les parties les plus anciennes de l'église elle-même peuvent remonter au 11e siècle, soit peu de temps après l'arrivée des moines de Simorre. C'est le cas du mur nord du transept et de celui de l'abside dans lequels on devine plusieurs campagnes de construction. Les impostes présentent dans le transept sont datables du 12e siècle. Le clocher semble avoir été construit par étapes entre le milieu et la fin du 12e siècle. Il présente toutes les caractéristiques des donjons seigneuriaux de la région (Bramevaque, Héchette) et pouvait à l'origine se trouver séparé de l'église. Les bâiment du prieuré étaient entourés d'une enceinte indépendante de celle du bourg.£Les vestiges conservés du prieuré (colonnes et chapiteaux, provenant du cloître ou de la salle capitulaire), sont datables de la même période (12e et 13e siècles).
Les parties hautes des murs ainsi que le voûtement interviennent tardivement, dans la seconde moitié du 13e siècle.£Les actes d'un procès de 1332 font état de bâtiments du prieuré "à l'abandon."
Des travaux de maçonnerie dont on ne connait pas le détail ont lieu entre la fin du 14e et le début du 15e siècle.
Entre 1495 et 1530 c'est le choeur de l'église qui est aménagé avec l'installation de stalles et d'une grille. En 1570 un incendie (qui n'est peut-être pas lié aux guerres de religion) détruit une partie des logements monastiques. Ils sont restaurés, de même que l'église dans la 1ère moitié du 17e siècle (réfection des toitures en 1626).
L'évêque de Comminges, Gilbert de Choiseul, visite et réorganise en 1664 les espaces intérieurs qui comportent alors de nombreuses chapelles dont quatre des dix autels sont supprimés. Les tribunes sont réagencées et pourvues d'un second niveau.
En 1692, le prieuré de Sarrancolin est détaché de l'abbaye de Simorre pour se rapprocher de celle de Saint-Sever-de-Rustan (Hautes-Pyrénées). La fin du 17e siècle est marquée aussi par la destruction des derniers vestiges du cloître pour agrandir le jardin du prieur.
Lors de la Révolution, les fleurs de lys de la grille de choeur sont sectionnées et les visages des êtres hybrides des stalles mutilés. Le 4 mars 1793, les bâtiments monastiques sont vendus comme bien national à Jean Sébastien Esquéré et transformés en dépôt de charbon. Ils subissent un incendie le 17 août 1871 : abandonnés alors, ils sont ensuite détruits et remplacés par des habitations.£Durant le 19e siècle sont aménagés l'entrée actuelle de l'église ainsi que l'occulus qui la surmonte. Le clocher fait l'objet en 1865 d'une importante campagne de travaux (reconstruction du sommet des murs ainsi que de la flèche et des clochetons).
L'église est classée Monument historique en 1903.
En 1964 débute une nouvelle campagne de restauration du clocher (reprise de la voûte du rez-de-chaussée et de l'angle nord-ouest de la tour, réfection des chapiteaux, colonnettes et cordons de la partie haute) et de l'église avec l'aménagement du trésor. Les différents enduits sont remplacés par un enduit uniforme au ciment et des éléments de mobilier sont supprimés comme la chaire néo-gothique de 1851. La baie axiale du chevet est rétablie dans ses proportions initiales et l'oculus du flanc nord repris.
Les bâtiments du prieuré existent encore en partie au 19e siècle. La salle capitulaire paraît encore partiellement conservée en 1902. Elle est alors identifiée par Caddau comme l'ancienne chapelle du Sauveur crucifié mais a déjà perdu une partie de ses voûtes avant d'être amputée par la reconstruction de maisons particulières dans les années 1920. Des appartements des religieux trois baies gothiques sont encore en place au début du 20e siècle.
Chercheur associé à l'inventaire général pour les Hautes-Pyrénées