En 589, on sait que Boetius, ecclesiae magalonensis episcopus est présent au troisième concile de Tolède. C'est la première mention d'un évêque à Maguelone. On a découvert à 150 m. à l’est de l’église romane une église des VIe et VIIe siècles, une basilique funéraire. Des prospections indiquent un domaine de 15 ha, et les auteurs supposent la création d’un évêché dès cette époque du fait que le diocèse de Nîmes était trop vaste. La nef faisait 33,30 m. sur 14 et était prolongée par une abside semi-circulaire légèrement outrepassée, flanquée de quatre contreforts massifs. La partie occidentale de la nef est bordée d’une galerie à laquelle on accède par trois entrées monumentales. Cette galerie est elle-même prolongée vers l’est par des annexes saillantes à fonctions funéraires. Les murs de l’édifice sont en moellons de calcaire dur, liés par un mortier blanc jaunâtre. L’ensemble paraît très homogène dans sa construction. On y a étudié 215 sépultures de types divers : bâtières de tuiles, ainsi que coffres de dalles, de dallettes, mixtes ou maçonnés. Les fibules et boucles découvertes peuvent être datées des VIe-VIIe siècles, ce qui concorde avec la datation de l’église. Les archéologues pensent que cet édifice fut utilisé peu de temps puisqu’il aurait été détruit fin VIIIe ou
début IXe.
La source essentielle de l'histoire du lieu est la Chronicon Magalonense vetus, écrite en 1158. Grâce à elle, on sait que l'évêque Arnaud (vers 1030-1060) relève de ses ruines la cathédrale, que l'évêque Gautier (1104-1129) construit le chevet de la nouvelle église, que l'évêque Jean de Montlaur (1159-1190) fait édifier la nef.
De la cathédrale d'Arnaud subsiste seulement la chapelle saint Augustin et la tour qui la surmonte.
Le domaine a été acheté en 1852 par Frédéric Fabrège.
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