La première église primitive de la commune pourrait avoir été édifiée sur le site du cimetière actuel et avoir eu comme vocable Saint-Pierre. Le village est incendié en 1621 et 1625 par les Huguenots. Peu d'informations sont disponibles sur la première église de Villeneuve, si ce n'est une brève description et les rapports de l'architecte diocésain Ferdinand de Coma à l'occasion de la reconstruction de l'édifice à partir de 1848. Cette église semble avoir été constituée d'une nef surmontée d'un plancher en bois peint, il est dit que la construction ancienne n'avait ""aucun genre d'architecture"", étant ""basse et humide et devenue insuffisante pour la population"". Les premiers projets datent de 1848, mais les travaux ne s'engagent réellement qu'à partir de 1855-1856 avec plusieurs campagnes successives nécessitées par l'état des finances de la commune. La nef et le choeur sont d'abord reconstruits, puis à partir de 1860, c'est le chantier du clocher qui se met en place. Le clocher a en effet été construit après l'achèvement de la nef, venant se coller contre la 1ère travée sud de celle-ci. Si le procès-verbal de réception des travaux a lieu le 12 juin 1873, les travaux, et en particulier ceux de l'achèvement du décor et de la mise en place du mobilier, ne s'achèvent qu'en 1875. Les plans de Coma sont ceux d'une église de style néo-roman. Les pièces du devis, retranscrites en pièce annexes donnent la totalité des phases de l'opération comme la description des matériaux employés. Les entrepreneurs choisis sont Baptiste Loubes et Pierre Cros et fils. Le fronton de la façade occidentale a été surélevé. L'horloge publique est acquise en 1885 auprès de Monsieur Petit, horloger mécanicien à Pamiers. La toiture est refaite en 1911-1913. L'église a fait l'objet d'une restauration intérieure en 2000-2001.