Estaing fut le siège d'une importante baronnie dont la première référence remonte à 1028 avec Aldebert d'Estaing. Citée pour la première fois à fin du 11e siècle, l'église semble avoir été convoitée par les abbayes De Montsalvy et Saint-Victor de Marseille. Un premier texte daté de 1081 officialise sa donation à Montsalvy mais un deuxième document, daté de 1082, l'attribue à Saint-Victor de Marseille. Il semble qu'elle fut une annexe de l'église de Trédou (commune de Sébrazac) et qu'elle dépende par conséquent de l'abbaye Saint-Amans de Rodez. Son saint patron est d'ailleurs saint Amans même si le culte de saint Fleuret a largement supplanté le premier, donnant à l'église la double dédicace de Saint-Amans et Saint-Fleurert. En 1120, alors que l'église d'Estaing est confirmée dans les possessions de Montsalvy, elle figure toujours dans la liste de celles de Saint-Victor dressée par l'évêque Adhémar : ""ecclesiam de Stagno"".£D'abord simple prieuré, l'église d'Estaing est érigée en cure en 1532. On compte d'abord deux prêtres distincts puis les deux charges sont réunies sous le titre de prieur-curé, secondé par des vicaires et ""claustiers"", moines délégués par le prieur de Montsalvy.£Il ne subsiste aucun élément de l'église primitive dans laquelle était abrité le tombeau de saint Fleuret à l'exception peut-être du renforcement de maçonnerie qui se remarque à l'extérieur de la chapelle Saint-Fleuret, doublant la niche abritant les reliques du saint.£Quoi qu'il en soit, la construction actuelle n'est pas antérieure à la fin du Moyen Age et semble bien être le résultat de plusieurs campagnes de travaux qui durent jusqu'au début de 17e siècle. L'édifice est particulièrement homogène mais on remarque, dans la partie nord-ouest que les grandes arcades n'ont pas le même profil que celles du reste de l'église qui pour certaines sont plus hautes.£Il semble que la chapelle dite de Saint-Fleuret fit l'objet de travaux en 1669 lorsque l'on retira les reliques du tombeau aménagé dans la muraille pour les « enfermer dans une châsse précieuse » (Livre de Paroisse, page 20). Un décor peint est signalé à la partie supérieure de l'ancien tombeau. « Un élégant pinceau a tracé deux portraits de deux évêques revêtus de leurs ornements sacrés, l'un représente saint Amans, ancien titulaire [.] L'autre portrait représente saint Fleuret vêtu d'un habit blanc avec une tunique violette et un manteau jaune, une mitre d'un blanc éclatant sur la tête et une crosse à la main. Au bas de ce portrait se trouve cette épigraphe avec des lettres d'un pouce et dans l'idiome du pays : S Flouret. »£Un livre de compte de la confrérie du Saint-Esprit daté de 1721, cité par Ginisty, signale une offrande de 60 francs pour achever de couvrir l'église. C'est à cette époque sans doute que l'on réalise la charpente de la nef centrale.£En 1840, le conseil municipal votait une imposition extraordinaire de 400 francs pour la reconstruction d'une chapelle de l'église, située à l'est. Il s'agit très probablement de la chapelle Saint-Antoine dont l'édification précède de quelques années celle de la sacristie, édifiée au sud-est, qui porte la date de 1843 et qui remplace une sacristie pus vétuste, aujourd'hui transformée en chaufferie, sur le côté nord.£En 1848, la commune avait déjà consacré 800 francs aux travaux d'aménagement de l'église. La reprise des maçonneries sur toute la partie orientale de l'édifice, depuis la rue du Pont avait permis de consolider la chapelle de la Vierge et d'aménager la sacristie et de construire l'escalier monumental de 24 marches en arc de cercle qui conduit à l'église (1845).£Un projet d'agrandissement de l'église se fait jour quelques années plus tard avec l'ambition d'aménager une chapelle au nord, près de la chapelle Saint-Fleuret, à l'emplacement de l'ancienne sacristie. Ce projet restera sans suite. En 1892, l'ensemble des ossements conservés dans les chapelles basses sont vidés et transportés solennellement au nouveau cimetière. En 1918, la foudre s'abattit sur le clocher ; la municipalité engagea de nouveau travaux à partir de 1922 et remplaça la moitié sud de la toiture pour 7.000 Francs.£En 1935, des travaux de rénovation des badigeons intérieurs sont entrepris sous la direction de l'architecte André Boyer. Les premiers échafaudages sont installés dans la chapelle sainte Catherine. Le décapage des enduits les plus anciens est réalisé à la boucharde et les clés de voûte sont nettoyées au burin. Ces travaux ont révélé près de la vieille sacrisitie, la présence de petites armoires murées qui devaient servir à abriter des jarres d'huile pour le sanctuaire.£Durant le mois de décembre 1959, suite à des sondages dans le mur droit de la chapelle Saint-Fleuret, on mit au jour une ancienne niche de 80 cm de côté. Cette découverte confirmait que l'emplacement ne pouvait enfermer qu'une châsse ancienne et non la tombe du saint. Il fut décidé de l'agrandir afin d'y loger le reliquaire offert en 1880 par Monseigneur Bourret.£La charpente et la toiture de l'église ont fait l'objet d'une restauration en 1973-1974 (Devis). Outre une réfection des installations électriques, le choeur est surélevé au mois de décembre 1974.£L'ensemble des badigeons intérieurs de l'église ont été refaits en 2003 comme en atteste le dossier conservé au STAP 12. Ces travaux semblent avoir fait disparaître des éléments de décor peint sur lesquels on trouvait des inscriptions. Ils ont permis de retrouver une pierre sculptée, probable claveau d'une voussure romane. Rien ne permet de préciser si elle provient de l'église ancienne.£Entre 2007 et 2009, la crypte fait l'objet d'un programme scénographique. Ainsi, la fenêtre de la chapelle sud est débouchée, le sol fait l'objet de carotages, le dallage et l'emmarchement de la nef centrale sont repris, en réutilisant les marches de l'ancien escalier dont l'extrémité inférieure est détruite. On perce également dans le mur sud de la chapelle une porte qui permet d'accéder à la crypte depuis l'ancien cimetière.