Une série de photographies anciennes, conservées aux archives des Bâtiments de France, attestent de l'aménagement de l'église avant les travaux des années 2000. On y remarque de nombreuses chaises et la présence de nombreuses statues qui n'ont pas été retrouvées (saint Antoine, Jeanne d'Arc. Ces statues étaient disposées sur des consoles fixées sur piliers hexagonaux de l'église. La statue de sainte Thérèse de l'Enfant Jésus, visible dans la crypte et celle de sainte Jeanne d'Arc avaient été offertes par des paroissiennes dans les années 1920.

On remarque également une chaire en menuiserie avec un escalier qui s'enroule sur le premier pilier nord-est de la nef, plusieurs lustres à pendeloques, un chemin de croix. Le livre de paroisse précise que l'on fit l'acquisition d'un lustre « gothique en bronze doré » pour 295 francs et de deux autres lustres pour la chapelle de saint Fleuret dans les années 1880. Ces éléments avaient été remisés au galetas avant qu'ils ne soient réinstallés après restauration entre 1936 et 1937. Le chemin de croix, inauguré en octobre 1892, n'a pas été retrouvé ; de même que l'harmonium acheté quelques années plus tôt . Les chaises, partiellement remplacées en 1962 ont cédé la place en 1974 à des bancs livrés par les usines Stella de Labruguière. De même, le registre de fabrique (p. 78) signale la fabrication en 1873 de 5 stalles en bois de chêne pour un coût de 630 francs, placées en face de la chaire qui n'ont pas été retrouvées lors de l'enquête.

L'église fit l'objet de soins constants tout au long de son histoire et son mobilier a connu plusieurs restaurations. Ainsi, dès 1880, quelques mois avant l'arrivée de la châsse reliquaire en bronze doré offerte par Monseigneur Bourret, le curé fit procéder à une importante campagne de travaux. On confia à Louis Castanié et à son fils, originaires d'Espalion le travail de badigeon de l'intérieur de l'église et du porche pour la somme de 600 F. On sait que la somme finalement dépensée dépassa les 1000 Francs, car le curé avait fait décorer plus richement les peintures et les dorures de la chapelle Saint-Fleuret La réparation dura du 23 mars à la fin juin.

En 1882, on faisait l'acquisition des vitraux de la chapelle de la Vierge chez Lachaise, peintre-verrier à Rodez, (200 Francs) . L'année suivante, c'est le vitrail de la chapelle saint Antoine qui était offert. En 1884, les bénitiers en pierre de Concourès étaient commandés au sculpteur Mahoux, en remplacement de l'ancien. Ils ont été offerts par les dames d'honneur du Saint-Sacrement.

Une restauration de l'intérieur de l'église paroissiale est signalée en 1899 mais nous n'en avons trouvé aucune trace, en revanche, l'église semble en mauvais état en 1935, si l'on se fie au livre de paroisse : « les badigeons de l'intérieur de l'église sont non seulement défraîchis mais décollés, les fils électriques sont pendants. Une mousse verdâtre recouvre les arcs ou les pierres des pilastres ». Les travaux opérés alors sont assez bien documentés. Coordonnés par l'architecte diocésain André Boyer, on renouvelle les badigeons après avoir l'ensemble des décors anciens pour faire réapparaître la pierre de taille, grattant parfois au burin les clés de voûte.

Il semble qu'aucune peinture ancienne ne fut trouvée dans l'église sous les couches répétées de badigeons pourtant les travaux menés en 2003 montrent bien la trace d'un décor peint sans les bas-côtés.

Lors de cette campagne de rénovation, un ouvrier Raymond Constat, originaire d'Espalion, « très habile au pinceau nettoya d'abord toutes les dorures à la feuille d'or ». On remplaça tous les marchepieds branlants et procéda même au décapage à l'acide du grand crucifix et de la statue de la vierge qui surmontent la porte d'entrée.

Les ornements et draps mortuaires sont achetés par la paroisse quelques années plus tard. En 1954, on installe le chauffage au gaz dans l'église et en 1961, une chape blanche est achetée et inaugurée pour la fête de Noël. Il est même fait mention par le Chanoine Vinches d'une Annonciation dans la chapelle Sainte Catherine qui n'a pas été retrouvée.

Avant la grande campagne de travaux, datée des années 2000, qui donne à l'édifice son allure actuelle, le livre de paroisse signale que des travaux de sablage des piliers et des croisées d'ogives furent confiés à l'entreprise Valdenaire pour 46.320 F au mois de septembre 1975. C'est donc récemment que la plupart des objets listés ou mentionnés dans le registre de paroisse ont disparu. On s'étonne de ne pas trouver d'ex-votos à saint Fleuret accrochés sur les parois de la chapelle qui lui est dédiée alors que plusieurs témoignages nous les ont signalés.

L'église d'Estaing ne conserve donc q'une partie de son mobilier d'origine. Ce dernier est en bon état.