L’église primitive de Bellegarde, érigée dans la seconde moitié du XVIIe siècle au centre de la place Saint-Jean, est présente sur le cadastre Napoléonien de 1813 (parcelle 386). Celle-ci, devenue trop exiguë et vétuste pour accueillir l’ensemble des fidèles, est remplacée par l’église actuelle, consacrée le 26 octobre 1864 par monseigneur Plantier. Édifiée selon les plans de l’architecte diocésain Eugène Laval, la construction est approuvée par le préfet du Gard en 1859 puis confiée à l’entrepreneur Louis Bastid.

L’emplacement choisi par le maire David Bézard et le curé Henri Cadel correspond à un pré communal se situant face à la nouvelle mairie. Le chantier débuté en 1860, s’achève le 17 mai 1864 par la réception définitive des travaux réalisée conjointement par l’architecte et l’inspecteur Henri Durand. Le coût total de la construction s’élève à 146 397 francs, ce montant est supérieur au devis initial (82 816 francs).

Le financement est réparti entre la souscription des fidèles, l’emprunt de 36 000 francs par la commune (remboursé par une imposition extraordinaire de 1881 à 1889), la vente de l’emplacement de l’ancienne église et l’investissement personnel de l’abbé Cadel. L’ancien lieu de culte qui devait compléter ce financement n'est détruit qu'en 1872, ses matériaux sont réemployés dans l’élévation des murs de clôture du cimetière.

Les vitraux sont signés de Frédéric Martin d'Avignon et de Charles Michel Guilbert d'Anelle, et datés de 1864. Le peintre Joseph Beaufort a réalisé le décor mural en 1921.

En 1972, le clocher de l’église doit être réparé suite à des intempéries.

La première phase de restauration de 2005 à 2007, a permis la réfection des verrières situées dans la nef ainsi que celle de la rosace surplombant le portail d’entrée par l’atelier In Vitraux de Caveirac. La seconde, de 2013 à 2020, concerne la reprise de la charpente, de la toiture et du clocher.