Placée sous le vocable de Notre-Dame de la Pitié, l’église semble avoir été construite à la fin du 12e siècle et début du 13e siècle. L’abside qui date probablement du 12e siècle est tout ce qui reste de l'église primitive dont la nef fut emportée vraisemblablement au cours du 14e siècle par une crue du ruisseau en contrebas. La nef est reconstruite en 1520 et agrandie par un certain Guillaume Merle, archiprêtre et prêtre de Boussagues qui fit en même temps construire le clocher et la sacristie. L’importante dénivellation du terrain obligea les constructeurs de 1520 à déplacer l’axe de la nef afin d’asseoir celle-ci sur le rocher. De nombreuses réparations intérieures et extérieures ont été effectuées par les divers curés qui sont se succédés à Boussagues, notamment MM. Salz de Bédarieux et Lucas de Lodève.
L’église est inscrite en totalité en 1988. En 1998, des travaux de restauration sont engagés, notamment la réfection complète de la couverture en lauzes de schiste avec réfection préalable du support de couverture et des maçonneries d’arase. La commune était maître d’ouvrage, Michel Dupin, architecte et Marc Garraux, économiste était la maîtrise d’œuvre (DRAC, dossier de recensement).