Si l'essentiel des panneaux réunis au 18 siècle dans les baies de l'abside proviennent du chœur de Béranger de Frédol, d'autres appartenaient peut-être au décor original de la nef. Cette partie de la cathédrale a été agrandie à partir de 1293-1294 lors de l'épiscopat de Raymond V de Colombiers. Quelques repères datés se rapportent aux chapelles latérales : 1307 construction de la 2e chapelle sud ; la 2e chapelle nord, Saint-Éloi, reçut son décor peint entre 1310 et 1325 (Suau, 1992 et 2002).

Quelques travaux d'entretien sont ensuite documentés, ceux faits par le vitrier de Béziers Engot (Poisson, 1992), ou ceux réalisés par Rigal en1758 (Arch. dép. Hérault, G 330, pièce 28). Aucun texte cependant n'informe sur l'établissement de la disposition actuelle, malgré plusieurs enquêtes menées dans le riche fonds du chapitre cathédral de Béziers (Suau, 1974, Poisson, 1992 et MH). C'est entre 1737 et 1739 que peut être située la mise en place du décor nouveau de marbre, dont la gloire centrale, où est figuré dans le stuc l'apothéose de saint Nazaire, masque la baie d'axe jusqu'à mi-hauteur. L'organisation nouvelle des verrières est conçue avec un souci affirmé de symétrie autour de la verrière d'axe. Les médaillons des environs de 1300 remployés (baies 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107 et 108), ont été recoupés, distribués et associés sans aucun respect des séries iconographiques originales, de façon à composer les parties inférieures et supérieures aux contours chantournés des verrières.

Demeurées assez cohérentes elles suivent 5 dessins identifiables, qui sont répartis d'une baie sur l'autre de façon symétrique entre les baies 101 et 102, 103 et 104, 105 et 106 ; les grisailles des baies 100 et 108 suivent des dessins spécifiques. Ces plages de grisailles décoratives sont cernées de larges bordures en forme de vitreries à bornes, composées au 18e siècle essentiellement à l'aide de pièces anciennes recoupées et de verre blanc. Les pièces composant les panneaux des oculus à décor de soleil rayonnant sont elles aussi pour la plupart retaillées dans des verres anciens, à l'exception des verres blancs du fond. La mise en place de ce décor a été menée par un vitrier capable de couper et de mettre en plomb le verre, mais pas de le peindre. Les principes suivis correspondent bien à ce que défendra un peu plus tard Pierre Le Vieil (Le Vieil, 1774, p. 83-85). Pour obtenir la luminosité exigée au 18e siècle pour les édifices religieux, il s'oppose à l'élimination pure et simple des panneaux anciens : retirer les meneaux et mettre des bordures claires à leur place lui semble une solution préférable. Le travail réalisé à Béziers, très concerté, allie recherche de symétrie et de clarté, à l'économie que traduit le remploi de panneaux médiévaux.

La question des vitraux, celle des vitraux anciens du chœur est abordée pour la première fois par l’architecte Charles-Jean Laisné (1819-1891). Dans le devis général de restauration daté du 30 avril 1857, il est prévu, en ce qui concerne l'intérieur de l'édifice, d'enlever la décoration du 18e siècle dans l’abside et dans la chapelle de la Vierge. Le 7e chapitre du devis est relatif aux vitraux, sans que soit cependant précisée l'ambition des travaux envisagés. Au regard des sommes mises en jeu et de la désignation de chacune des verrières, le but était vraisemblablement de renouveler le vitrage en plaçant dans l'abside (baies 100 à 106) 7 vitraux neufs à médaillons narratifs et dans les 2 baies latérales du choeur (baies 107 et 108), des vitraux à personnages couronnés de dais, ce qui aurait entraîné la disparition totale des éléments médiévaux préservés au 18e siècle. Fort heureusement, ce devis n'est pas exécuté. La question du remplacement des vitraux du choeur est à nouveau d’actualité en 1879, objet de débats dans le cadre de la Société archéologique de Béziers (Noguier, 1879-1880), fermement opposée à toutes transformations et surtout à la mise en place de vitraux neufs pastiches plus ou moins réussis de peintures sur toile et jugés d'avance trop sombres. De nouveaux vitraux sont cependant posés dans la chapelle ouvrant sur le bras nord du transept, dite chapelle du Saint- Sacrement, réalisés par l'atelier d'Alexandre Mauvernay de Saint-Galmier (Loire) (baie d'axe signée).

L’ensemble des panneaux des trois baies 100, 101 et 102 ont été restaurés en 1984 : déposés et encollés, remplacés par des clôtures provisoires en « Isorel ». A l’atelier, ils sont lavés à l’eau claire par trempage, opération qui révèle des pièces anciennes très peu altérées. Le remontage sur frottis se fait en comprenant le retournement et « l’ajustage » de nombreuses pièces ; des éléments fractionnés retrouvés dans les trois fenêtres sont utilisés « pour reconstituer la vitrerie d’origine en remplaçant les éléments manquants ». Dans les 40m2 que composent les trois verrières sont intégrées 6,15 m2 de vitreries calibrées neuves, patinées, en complément des parties anciennes ; dans chaque verrière, 120 pièces sont collées au silicone avec « dépoli tranche ». La baie 100 fait l’objet d’un traitement particulier. La partie basse derrière la gloire, occupée par une menuiserie à carreaux de verres blancs, est remplacée par une création de l’atelier en reprenant le parti des baies latérales ; de la même façon, le médaillon central, très dégradé, est remplacé par une composition colorée neuve. Est également opérée, surtout dans les bordures, un classement et une redistribution des pièces de verre anciennes « afin de restituer une meilleure lecture des sujets et un équilibre des couleurs et des valeurs ».