Le chœur est percé de trois baies dont les verrières représentent le Christ sacré-cœur au centre (n° 100), saint Pierre à gauche (n°101) et saint Paul à droite (n°102). Huit baies jumelées constituées chacune de deux lancettes en plein-cintre éclairent la nef.

Du côté occidental, à gauche en entrant, les armoiries du pape Pie IX (1846-1878) et de Mgr Plantier, évêque de Nîmes de 1855 à 1875, sont juxtaposées à la figure de saint Augustin reconnaissable à son livre Civitas dei (n°103). Saint Jean-Baptiste et Sainte Elisabeth de Hongrie figurent sur le vitrail n°105. Les baies suivantes (n°107 et 109) sont à motifs décoratifs.

Le vitrail de la chapelle (n°3) représente à gauche Joachim dominant les armoiries de François-Nicolas-Xavier-Louis Besson, évêque de Nîmes de 1875-1888. Il fait face à son épouse, sainte Anne, et à la Vierge enfant, qui sont placées au-dessus des armoiries de Mgr Plantier.

Du côté oriental, à droite en entrant, un saint apôtre est représenté à gauche, avec les armoiries de la famille de Chanaleilles, à droite (n°104). tenant un gros bâton, il pourrait s'agir de saint Jacques le Mineur. La baie suivante figure sainte Justine d'Antioche, associée à une licorne, symbole de chasteté et saint Grégoire le Grand à une colombe (n°106). Les vitraux n°108 et 110 sont à motifs décoratifs.

Un ange tenant l’âme des défunts est représenté sur le vitrail de la chapelle (n°2). Il surplombe les armoiries de Jean-François Marie Cart, évêque de Nîmes de 1838 à 1855. A droite figurent un ange en prière et les armoiries de Claude François Marie Petit-Benoit de Chaffoy, évêque de Nîmes de 1821 à 1837.

Le vitrail contemporain dans l'axe du chœur est à motif décoratif.