La salle capitulaire fut augmentée après 1510 d’une petite abside à trois pans, qui reçut des vitraux consacrés à l’Annonce aux bergers. Élément essentiel de ce triptyque dominé par un concert d’anges, la Nativité qui devait occuper la moitié inférieure de la fenêtre de gauche disparut au plus tard en 1824, lorsque cette baie fut réduite par le percement d’une porte charretière desservant la salle transformée en grange. D’après leur facture, les panneaux demeurés en place, où l’on remarque deux emprunts à l’une des estampes de la Vie de la Vierge de Dürer publiée en recueil en 1511, ont vraisemblablement été exécutés autour de 1520. Si l’image des fondateurs a été restituée sans preuve dans les baies latérales, il est certain que les religieux du XVIe siècle n’avaient pas oublié leurs premiers bienfaiteurs : au registre inférieur de la fenêtre centrale, comme sur les vantaux du portail de l’église, deux chartreux présentent les écus du couple, panneaux complétés mais comprenant des pièces authentiques, de même que ceux qui figurent la sainte patronne de Catherine Garnier au bas de la verrière de droite.£Le passage qui relie l’église à la salle capitulaire a été remanié en même temps qu’elle et sa fenêtre orientale, alors agrandie, reçut sa verrière. Quoique complétée pour moitié en 1945, celle-ci reste de premier intérêt par son iconographie, un Arbre de saint Bruno qui reprend le schéma de l’Arbre de Jessé. L’idée de représenter le fondateur de l’ordre en nouveau Jessé était née au XIVe siècle chez les franciscains et les dominicains, auxquels s’attachent nombre d’œuvres d’art figurant de cette manière la souche de leur famille spirituelle. L’église des Jacobins de Toulouse avait un vitrail de l’Arbre de saint Dominique (Guilhermy, Annales archéologiques, VI, 1847, p. 328), sujet que, selon Vasari, Guillaume de Marcillat avait également représenté en 1529 à Arezzo. Les recherches de Raymond Laurière ont permis de reconnaître le prototype de l’Arbre de saint Bruno dans les Statuta et privilegia ordinis cartuniensis, ouvrage édité par Gregor Reisch, prieur de la chartreuse de Fribourg-en-Brisgau, imprimé à Bâle en 1510 (Laurière, thèse, 1999) : l’unique estampe qui illustre ces statuts aussitôt diffusés dans le réseau des établissements de l’ordre a visiblement inspiré la composition de la verrière, si elle n’a servi de vidimus au moment de sa commande. Une variante comme l’adaptation à la lancette centrale de la Vierge à l’Enfant, représentée à côté de l’arbre sur le modèle gravé, résulte du vœu de réserver les angles inférieurs du vitrail à des armoiries – là encore, sans doute, celles de Vésian Valette et de son épouse. Répartis dans les lancettes, les bustes de onze chartreux en coule blanche identifiés par des phylactères, certains coiffés de la mitre ou du chapeau de cardinal, émergent des fleurs que portent les ramures de l’arbre. Subsistent six figures authentiques de personnalités qui ont marqué l’histoire de l’ordre à travers les siècles. L’abbé Lafon (1891) crut reconnaître en eux saint Basile docteur de l’Église d’Orient, saint Guillaume d’Aquitaine, le cardinal Georges d’Armagnac ainsi que les saints Bruno, Benoît et Augustin, propositions erronées qui ont pourtant servi à baptiser les personnages ajoutés en 1945. Les promoteurs de la restauration ignorant que saint Bruno allongé figurait dans les panneaux inférieurs perdus de longue date, Chigot a comblé l’espace en décalant la Vierge à l’Enfant initialement placée plus haut.