Un premier édifice de petite taille semble avoir été construit au milieu du 19e siècle, sur la rive droite de la Castellane. Selon l’abbé Cazes, il s’agirait d’une chapelle dédiée à Notre-Dame de Bon Secours [CAZES, 1993, p.14]. Actuellement disparu, l’édifice est remplacé en 1854 par la chapelle des Thermes, située au hameau portant le même nom [CCRP. Molitg-les-Bains, Chapelle des Thermes. 2005].
La construction de la nouvelle chapelle a nécessité de réaliser un emprunt de 1800 francs, qui fut en partie couvert par des loteries organisées par le clergé [Office de tourisme de Molitg-les-Bains, Patrimoine, Chapelle des bains, [en ligne], mise à jour en 2020], des dons de particuliers et de curistes. Ces derniers trouvaient en effet le chemin des bains trop escarpé et long pour se rendre à église paroissiale du village. L’implication des curistes marque alors le nom de la chapelle, connue aussi sous l’appellation « chapelle des baigneurs ».
Les vitraux présents dans l’édifice ont été offerts par des donateurs, dont les membres de la famille Auter (hôteliers à Molitg) et par Adrien Barthélémy entre 1900 et 1913 [CCRP. Molitg-les-Bains, Chapelle des Thermes. 2005], fondateur de la Chaîne Thermale du Soleil.