Notre connaissance de l'histoire d'Autoire au Moyen Age pâtit de l'indigence de la documentation et peut-être aussi du statut particulier de son territoire, traversé par un ruisseau qui sépare la baronnie de Gramat, sur sa rive gauche avec le château de falaise de la Roque d'Autoire, et la vicomté de Turenne sur sa rive droite avec l'église paroissiale et le village.
La Roque est mentionnée lors de l'hommage rendu en 1259 à Alphonse de Poitiers par Hugues de Castelnau pour la seigneurie de Gramat, celle de Lavergne, le château de Miers et tout ce qu'il a à Carennac, Padirac, Magnagues, Gintrac, Loubressac, et autres lieux dont "la Roque d 'Autoire, rive gauche du ruisseau" (J. Lartigaut, 1980). Bien que le texte ne le précise pas, c'est a priori la seule rive gauche d'Autoire qui est comprise dans la bailie d'Hugues de Castelnau, dont le ressort est assigné au roi d'Angleterre en 1287 (L. d'Alauzier, 1967).
L'église Saint-Pierre, sur la rive droite, apparaît quant à elle dès 1090, avec la donation qui en est faite par Bernard de Bauze, ou Banze, et son épouse Astorge au chapitre de l'église cathédrale de Cahors (L. Gineste, p. 162, sans source citée), donation qui est confirmée par le pape en 1106. C'est probablement aux Bauze qu'il faut attribuer le château voisin de l'église, dont les plus anciennes parties conservées ne paraissent pas, cependant, antérieures au 13e ou au 14e siècle.
Autoire est le siège d'une châtellenie en 1350 (G. Lacoste, 1885), quand le roi de France transfère au vicomte de Turenne l'hommage que lui devait le baron de Gramat, mais il est probable que la rive gauche du ruisseau relève toujours du seigneur de Loubressac : elle fait d'ailleurs partie de la commune de Loubressac lors de la confection du cadastre de 1830. De fait, aucun document ne vient éclairer les rapports entre les deux sites, distants de 600 m et ayant chacun attiré un regroupement d'habitations. Les castra de hauteur associés à des églises paroissiales restées dans la vallée ne sont pas rares, et c'est peut-être ce qu'il faut imaginer à l'origine des deux sites d'Autoire. De l'habitat subordonné du château de falaise ne restent que des ruines alors que s'est maintenu le village qui s'est formé autour de l'église.
Les Bauze sont encore mentionnés en 1366, avec Mafred de Bauze qui hommage au baron de Gramat pour tout ce qu'il a dans la baronnie, et en 1400 avec Bertrand et Astorg dont il est précisé qu'ils possèdent en outre un tiers de la justice d'Autoire (J. Lartigaut, 1980, p. 238), en 1395 avec sans doute le même Astorg, qualifié de seigneur de Belcastel, qui hommage au vicomte de Turenne pour ce qu'il tient en divers lieux dont la paroisse d'Autoire (T. Pataki, 1987) où il habite (P. Flandin-Bléty, 1987). A une date inconnue, les Bauze se fondent dans la famille de Peyrusse et en 1504, Raymond de Bauze ne semble plus avoir à Autoire que des colombiers et une garenne (L. d'Alauzier, 1984).
Le "fort" d'Autoire, qui pour L. Gineste (1953) était le réduit autour de l'église, est abandonné en 1378 par la compagnie alliée aux Anglais qui l'occupait (G. Lacoste, 1885, p. 264).
Les vestiges les plus anciens sont ceux de l'église et du château auxquels il faut ajouter quelques rares maisons du 13e ou du 14e siècle. Le 15e siècle est mieux représenté avec des maisons et quelques demeures qui prennent des allures de manoirs.
Edifices repérés : maison (parcelle 2005 B1 221), façade en pan-de-bois, 15e siècle (?) ; maison (parcelle 219), façade en pan-de-bois, sablière moulurée, piliers chanfreinés déplacés, 15e siècle ; maison (parcelle 225), croisée à gorge (traverse et meneau disparu) ; maison (parcelle 1031), croisée à accolade et feston transformée en porte, écu écartelé (moderne ?) ; maison (parcelle 246), demi-croisée.
