Un édifice est attesté dès 902 sous le vocable d'église Sainte-Marie. En 1027, Béranger, premier abbé connu de Quarante, est élu. En 1053, l'église actuelle est consacrée par Guifred, évêque de Narbonne, Béranger, évêque de Béziers et Gontier, évêque d'Agde. L'église a été sommairement crénelée sur le bas-côté sud, vers le 15e siècle ; le clocher date de la même période. En 1790, l'abbaye est supprimée, son mobilier en grande partie dispersé ou détruit. Eglise paroissiale, Sainte-Marie de Quarante fait l'objet d'aménagements aux 19e et 20e siècle. Dans les années 1970, un trésor est aménagé à l'étage, près du croisillon Nord de l'église. Une importante restauration de l'édifice est réalisée dans les années 1980, éliminant une partie du mobilier du 19e siècle.