La chapelle aurait été construite en 1635 à l'emplacement d'un ancien prieuré. Le nom des Auzils est mentionné dans un acte de 1223, par lequel Arnaud, archevêque de Narbonne, avait acquis du monastère de Boulbonne un fief à l'île de Lec, à Notre-Dame des Auzils, avec les terres cultes et incultes, bois, pâturages et garrigues en dépendants. A partir de 1248, des legs sont fait en faveur de l'oeuvre de Marie des Auzils (Pauc, 1993, p. 7).
Le terme d'Auzils proviendrait du mot latin signifiant secours : auxilium.
La chapelle aurait été visitée le 8 novembre 1660 par Monseigneur F. Fouquet, archevêque de Narbonne. Un ermitage lui était accolée au moins depuis le 17e siècle car les registres d'état civils mentionnent les ermites Antoine Sudre, mort en 1655 à 90 ans, Blaise Camp, mort en 1666 à 85 ans, Frère Michel, décédé en 1745 à 55 ans. C'est un lieu de pèlerinage pour les habitants de Gruissan qui y déposent progressivement de nombreux ex-voto marins, protégés au titre des monuments historiques en 1964. L'inscription sur le seuil, appelant à prier pour J. Rachou mort à Toulon en 1743 montre l'ancienneté de la pratique dans la chapelle.
La chapelle, exigüe, aurait selon Yché (op. cité), été agrandie en 1828. La date porté sur la clé du choeur, 1848 correspond peut-être à la fin de la campagne d'agrandissement avec l'achèvement du choeur.
Au 19e siècle, le dernier ermite à occuper les lieux s'appelle François Cyprien (il apparaît également avec le prénom Michel). Né en 1806 et frappé de nanisme, il s'installe dans le grotte Saint-Salvaire, sous la chapelle, où il réside pendant 33 ans avant d'être enterré à Gruissan en 1888.
Les pèlerinages
Trois pèlerinages principaux ont lieu chaque année : le lundi de Pâques et le lundi de Pentecôte, en hommage aux marins disparus en mer et en mémoire des anciens le lendemain de la fête du village. Le pèlerinage pascal a commencé en 1797 après la disparition de 32 marins, le 28 février à cause d’une tempête. Yché décrit ce pèlerinage en 1916 en ces termes : "les patrons pêcheurs marchaient les premiers avec le petit bateau qui dans l'église ornait la chapelle Saint-Pierre. Les matelots suivaient, un petit pavillon à la main. En tête et pieds nus s'avançait le porteur de "Nostre-Segné-lou-Gros" (Notre Seigneur le gros), grand christ de bois creusé à l'intérieur et qu'on remplissait de pierres ou de plomb pour en augmenter le poids. C'était un insigne honneur de le porter. Quand il n'était pas attribué aux enchères, il revenait au pêcheur le plus zélé ou le plus robuste". Il indique que ce christ a disparu des processions au début du 19e siècle. (Yché, 1916, p. 159).
Enfin, le troisième pèlerinage a lieu le dernier dimanche de septembre et date de 1835. Il a été instauré pour remercier la Vierge de la fin du choléra à Gruissan, village le plus éprouvé du narbonnais avec 94 morts. Il a été remplacé par un pèlerinage le 15 août, jour de célébration mariale.
Protection, vol et art sacré (1964-1981)
La collection de 68 ex-voto marin (15 maquette, 39 peintures, 7 statues, 8 tableaux, tableau de broderie, manuscrit, 44 cadres) a été classée au titre objet le 18 novembre 1964.
En mars 1967, la chapelle a été dotée d'un ensemble de huit vitraux aux motifs abstraits, réalisés par Henri Guérin. Trois se situaient dans le choeur, les cinq autres se répartissaient le long du mur sud. Seuls deux d'entre eux sont encore conservés.
Dans la nuit du 21 au 22 juillet 1967, la porte de la chapelle est fracturée et une cinquantaine d'ex-voto est volée. Ils ont été restitués en trompe-l’œil par Robert Cassin (1914-2015) et son épouse Maureen, restaurateurs des monuments historiques originaires de Carnac. Ce projet a été réalisé à l’initiative de l'inspecteur des monuments historiques Pierre-Marie Auzas et grâce aux photographies qu'en avait prises l'abbé Pauc en 1964, conservateur des antiquités du département et curé de la paroisse de Gruissan, à l'occasion du dossier de protection. En 1981 la chapelle rénovée est inaugurée.
Des particuliers touchés par le vol ont également fabriqué des maquettes pour regarnir la chapelle (Pauc, 1993, p. 13). Paul Muringer de Belfort a ainsi offert 7 maquettes de bateau entre 1969 et 1977. Les dons d'ex-voto se sont poursuivis à l'époque contemporaine. Jean Pauc recense ainsi entre 1975 et 1992 : 5 huiles sur toile, 3 dessins, un pastel, un diplôme, une photo collée sur papier canson, une peinture sur aggloméré et cinq maquettes dont l'une en perle de verre. D'autres objets ont été donnés au cours du 20e siècle comme une jonque chinoise, offerte en 1969, une ancre à jas, un piranha naturalisé et diverses maquettes non datées. Cinq plaques mortuaires en marbre gravé ont été offertes entre 1947 et 1982, ainsi qu'une plaque en plastique, offerte en 1984 à la mémoire d'Henri Aymeric, aviateur né à Carcassonne, disparu en mer en 19444 à l'âge de 24 ans.
L'autel avait reçu en 1971 un décor peint réalisé par Geneviève Duboul, représentant dans un style naïf et poétique la Vierge à l'Enfant venant au secours des marins.
En 1978, la chapelle est attaquée par les termites et la tribune est détruite.
