La paroisse primitive de Bonnac (site du Castélla ?) est donnée en 960 par l'évêque Hugues de Toulouse au chapitre cathédral de Saint-Etienne. Des vestiges du 12e siècle sont visibles dans le clocher et sur l'élévation nord de l'édifice actuel. Au 13e siècle, l'église de Bonnac fait partie du nouveau diocèse de Pamiers. Les dispositions défensives extérieures du clocher pourraient être contemporaines de la maison seigneuriale des Villemur, fin 15e siècle ou début 16e siècle. En 1551, l'évêque envoie son délégué à Bonnac pour visiter l'église Saint-Pierre ""qui a besoin de réparation"". La reconstruction de l'édifice pourrait se situer entre le 16e et le début du 17e siècle. Une visite de l'évêque de 1669 évoque les travaux de restauration à faire sur les toits de la sacristie et de la chapelle. Le Conseil Municipal se réunit sur l'esplanade de l'église aux 17e et 18e siècle. Par contrat du 9 décembre 1727, un retable est réalisé pour l'autel de l'église. Le 2 juillet 1763, une partie du couvert de l'église s'effondre. L'église paroissiale apparaît dans son emprise actuelle sur le cadastre napoléonien de 1824, avec les deux sacristies et le presbytère, ajouté en 1821. Seuls la chapelle nord dédiée à la Vierge et l'avant-porche sud sont postérieurs à 1824. Au cours de la 2e moitié du 19e siècle, des travaux importants concernent la réfection de la couverture de l'église. Dès 1857, on procède au rehaussement de la nef sur les plans de l'architecte diocésain Ferdinand de Coma, après démolition de l'arc de séparation entre l'abside et la nef, puis à celui de l'abside. Le clocher est réparé, puis surélevé en 1865-1866 par l'entrepreneur Jacques Pujol. A la suite des inondations de juin et septembre 1876, des restaurations sont entreprises, en particulier sur le mur ouest de l'église. La charpente et la couverture du clocher sont refaites en 1928 par l'architecte Maurice Picq, et les entreprises Alfred Urbain Castagné (maçonnerie) et Henri Anglade (couverture zinguerie). Le cimetière est agrandi à partir de 1863, et s'étend, après 1915, sur l'emplacement de l'ancienne tuilerie.