Issue de la bourgeoisie marchande de Cahors, la famille de Jean acquit au XIIIe siècle la terre des Junies, nommée d'après son patronyme. Le cardinal Gaucelme de Jean (v. 1263-1348), dignitaire de la cour papale d'Avignon depuis 1316, décida vers 1320 d'y fonder le couvent qu'une bulle d'Innocent VI devait affecter à des dominicaines en 1355 (Greil, 1899). S'il est certain que les religieuses avaient pris possession des bâtiments en 1363, ceux-ci avaient été entrepris bien avant comme il ressort du testament du fondateur en 1348 et de celui de l'un de ses neveux et héritiers, Philippe de Jean, passé l'année précédente : tous deux mentionnent la construction en cours, et Philippe élit sa sépulture dans l'église au cas où elle serait terminée à son décès ; son inhumation en 1355 dans celle des dominicains de Cahors laisse supposer que l'édifice était inachevé malgré l'action de l'exécuteur testamentaire du cardinal, son neveu Gisbert de Jean, évêque de Carcassonne de 1347 à sa mort en 1354.
L'église de plan cruciforme mise en service vers 1360 était entièrement ornée des verrières de qualité d'après ce qui subsiste dans quatre de ses baies. Ces vitraux assez précisément datés, rares spécimens de cette période du XIVe siècle en Occitanie et plus généralement en France, sont d'un intérêt majeur pour l'histoire de ce domaine. En plus des panneaux d'ornements demeurés dans la rose ouest, l'ensemble comprend la verrière légendaire de pleine couleur de l'unique fenêtre du chevet plat (baie 0) et des grisailles ponctuées de petites scènes disposées « en litre » dans deux de celles du flanc nord (baie 1 du chœur, baie 7 de la nef). Les éléments regroupés en baie 1, originaires de plusieurs fenêtres, accusent ce que fut le programme formel primitif : à côté du traditionnel vitrail narratif réservé à la place d'honneur, les autres baies étaient dotées de « verrières mixtes », formule qui renouvelait depuis quelques décennies l'éclairage des églises du nord du royaume. Du point de vue stylistique, l'élégance des représentations ne cède rien aux enluminures des plus précieux manuscrits du temps et, autre signe de modernité, leur dessin est servi par l'emploi du jaune d'argent, technique de peinture née vers 1300 à Paris, jusque là ignorée dans les vitraux méridionaux. L'atelier chargé de la commande, difficile à localiser, en était peu familier d'après l'usage irrégulier qu'il en a fait. Cet atelier a employé des verres soufflés en plateau, bien visibles dans les fonds bleus de certains médaillons. Il a d'autre part laissé sur nombre des pièces de petites marques peintes à la grisaille, relevées à l'occasion de la dernière restauration. Plutôt que des « marques de tâcherons » servant à distinguer des « mains », ces marques - une douzaine de différentes formes, en partie identiques sur la verrière axiale et sur celle de la nef - paraissent désigner les pièces d'un même panneau pour les repérer au sortir du four, avant de procéder à la mise en plomb.
Les trois lancettes de la verrière d'axe conservent presque intacte une suite consacrée à la Vierge et à la Passion : composée de neuf compartiments historiés disposés en trois registres, chaque scène occupant deux panneaux. Les couleurs du fond des médaillons, bleu dans les lancettes latérales et rouge au centre, témoignent du soin apporté à leur « mise en page », de même que l'alternance des motifs des mosaïques et des bordures. Au soubassement figurent depuis l'origine les portraits rétrospectifs du fondateur et de ses héritiers, sous lesquels leurs armoiries, sans doute détruites à la Révolution, ont été restituées : l'écu authentique de Gaucelme de Jean a été rapporté après coup en provenance d'une autre fenêtre. Chacune des verrières devait être marquée des armes du cardinal, ce que corroborent les écus anciens calés au bas de la baie 1. Au-dessus de son registre armorié, cette baie présente l'assemblage factice de grisailles ornées de filets colorés de deux motifs différents, au milieu desquelles sont remontées en deux registres quatre scènes abritées de dais de couleur ; deux d'entre elles, dissociées, illustrent le martyre de saint Jean-Baptiste, les autres se rapportent à un saint non identifié. La baie 7, enfin, comprend deux scènes de l'histoire de saint Jean l'Évangéliste inscrites avec leurs dais dans des grisailles d'un troisième modèle, largement refaites d'après ce qui avait survécu dans quelques-uns des panneaux.
La sauvegarde de l'église du couvent supprimé fut assurée par son affectation au service paroissial en 1801. L'état actuel de ses vitraux résulte dans une large mesure des trois campagnes de restaurations documentées de la fin du XIXe siècle à nos jours. Sous la direction de Jean-Louis Rebière, les trois verrières principales viennent d'être restaurées et protégées par un double vitrage par Anne Pinto et André Morteau, la baie axiale en 2007, les autres en 2012 et 2015. L'opération suivait la reprise de l'oculus de la façade confiée en 1993 par François Corouge à Alain Creunier. Antérieurement, la restauration des vitraux anciens prévue en 1922 par l'architecte Marcel Poutaraud avait été pratiquée par le Parisien Paul Louzier en 1925. L'intervention précédente était due en 1898 à Gustave-Pierre Dagrant, qui a recomposé la baie latérale du chœur à l'aide des vestiges conservés dans les chapelles du faux-transept. L'atelier bordelais venait en effet d'y placer trois verrières nouvelles : au sud (baie 2), six médaillons relatifs à la vie de saint Joseph au-dessus des armoiries du pape Léon XIII et de l'évêque de Cahors Émile-Christophe Énard ; au nord (baie 3 et 5), deux baies dédiées à la Vierge dont l'une, de même forme que la baie 2, offerte par les paroissiens.
