Le couvent a été construit à quelque distance du village et du château des Junies. Au sud de l'église, trois ailes partiellement détruites et remaniées entourent la cour carrée du cloître. L'aile orientale, qui abrite la salle capitulaire au rez-de-chaussée, est conservée sur deux niveaux. Largement transformée, en particulier à l'est et aux niveaux supérieurs, l'aile sud présente des maçonneries en place au rez-de-chaussée abritant le réfectoire. De l'aile ouest, accolée à l'église, n'est conservé que le premier niveau arasé qui était, jusqu'en 2010, entièrement rempli de gravats. Les élévations intérieures du bâtiment sont aujourd'hui dégagées depuis la réalisation de travaux de décaissement qui ont donné lieu à un suivi archéologique. En revanche, les bases des piliers polygonaux délimitant le cloître, partiellement en place jusqu'en 2004, ont, depuis, été déposées.
L'église est une construction relativement austère, à chevet plat de mêmes largeur et hauteur que la nef, où les fenêtres sont rares et dont les élévations sont rythmées par d'épais contreforts, plus massifs encore aux angles, qui montent jusqu'au sommet des murs sans ressaut. La nef unique compte quatre travées carrées, la première formant la croisée du faux-transept constitué par deux chapelles latérales. Tout l'édifice est voûté d'ogives. Dans le chœur, une porte donne accès à la sacristie qui le flanque au sud. L'église disposait de deux autres portes : le portail nord, à voussures multiples et où le tympan du 19e siècle représente le Christ remettant les clefs à saint Pierre, en accord avec le nouveau vocable, et une porte ouvrant sur le cloître.
Le bâtiment qui fermait à l'est l'aire du cloître est construit dans le prolongement de la sacristie. La salle capitulaire comporte trois travées voûtées d'ogives, avec une travée centrale plus large ; la grande porte donnant sur le cloître et les deux baies placées de part et d'autre ont des encadrements en brique dépourvus de tout décor. La pièce de l'étage est équipée d'une cheminée et d'un évier, ce qui laisse penser qu'il pouvait s'agir du logis de la prieure.
L'aile ouest se présente sous la forme d'un bâtiment très allongé de plan rectangulaire. Il comporte deux vastes salles juxtaposées initialement voûtées, séparées par une petite pièce centrale dont les murs ont été largement remaniés. Les vestiges d'arcs engagés dans le parement intérieur des murs, et retombant, dans la pièce nord, sur des piliers quadrangulaires chanfreinés, permettent de restituer deux voûtes en berceau sur doubleaux (entièrement détruites). Les ouvertures d'origine semblent se limiter à des jours percés dans l'élévation ouest (un seul en place au nord), à une petite fenêtre partiellement conservée dans la façade latérale sud et aux portes d'accès (transformées). Leur répartition, l'organisation des espaces intérieurs ainsi que le type de voûtement laissent supposer que le rez-de-chaussée accueillaient les caves et le chai dont les textes anciens font mention. Il pourrait donc s'agir d'une aile destinée aux convers, intégrant plusieurs espaces de stockage pour les activités agricoles. Parfaitement liées aux contreforts de l'église et soigneusement appareillées (assises irrégulières mais joints de lit globalement rectilignes), les maçonneries d'origine en moellons calcaires équarris semblent contemporaines de l'ensemble conventuel du milieu du 14e siècle.
