Dans le transept faisant également office de choeur, deux baies : n° 1 : Annonciation, signée Didron et n° 2 : Apparition du Sacré-Coeur à sainte Marguerite-Marie Alacoque, signée, à l'envers, E. Didron, 1900.

Dans la nef : les n° 3 et 5 sont des verrières décoratives avec deux médaillons. La baie 3 représente Mgr Charles-Francois de Rouvroy de Saint-Simon de Vermandois de Sandricourt, dernier évêque d'Agde, de 1759 à 1794, guillotiné sous la Terreur, puis ses armoiries. Au milieu de la bordure inférieure, initiales S. G.

La baie 5 représente un évêque dans un médaillon circulaire, identifié sur le second médaillon : Ss Venustus / martyr /Ve s, hypothétique premier évêque d'Agde, mort martyr vers 405. La verrière est signée A. Bry / & / M. Sonilhac / Rodez.

La baie 4 : trois jeunes personnes sortant de prison pour aller vers leur martyre, qui sont les saints agathois Thibery, Modeste et Florence.

Baie n° 6 : Charité de saint Martin.

Baie n° 7 : martyre de saint Etienne, signé F. Brunet à Montpellier 1870 (la barlottière cache le dernier chiffre mais les dates d'activité de Brunet impliquent qu'il s'agit d'un zéro). Les n° 4, 6 et 8 sont du même peintre verrier.

Baie n° 8 : bénédiction d'une jeune femme par un évêque (sainte Agnès et saint Germain d'Auxerre ?).

Dans la chapelle du XIXe siècle, Notre-Dame de Lourdes, attenante : Notre-Dame de Pontmain, Notre-Dame de la Salette, Notre-Dame du Grau, Notre-Dame de Lagarde, Notre-Dame des Victoires, Notre-Dame de Fourvières.