Cet ensemble de minéraux a été constitué par Philippe Picot de Lapeyrouse (1744-1818) dans le quatrième quart du 19e siècle et le premier quart du XIXe. La collection est composée de récoltes effectuées par le naturaliste ainsi que de minéraux envoyés par son réseau de collecteurs en Europe.

En 1812, Jean de Charpentier (1786-1855), minéralogiste allemand, disciple de Lapeyrouse, est chargé d'inventorier la collection et de rédiger les étiquettes d'identification, en utilisant des cartes à jouer. Un spécimen (ou un ensemble) est lié à une carte. Les minéraux sont triés en suivant la méthode du minéralogiste Abraham Gottlob Werner (1749-1817). Le cas des minéraux de cet ensemble est particulier car, comme tous les minéraux de la collection Lapeyrouse, ils possèdent une étiquette de marquage ovale avec un liseré décoratif bleu. Cepedant, il n'est pas possible de lire l'inscription sur l'étiquette, rendant leur identification dans la collection complexe.

Après la mort de Philippe Picot de Lapeyrouse, cette collection est transférée à la Faculté des Sciences de Toulouse par l'intermédiaire de son fils et héritier, Isidore Picot de Lapeyrouse (1776-1833), en juillet 1823. Le transfert est accompagné d'un catalogue de la collection, donnant un numéro d'inventaire de chaque minéral, la localisation de sa découverte ainsi qu'une brève description.

La collection passe sous la gestion de plusieurs professeurs de minéralogie et doyens de la Faculté des Sciences, qui mettent à jour le catalogue. Le doyen Jean-François Romieu (1767-1838) et le professeur de minéralogie Félix Dujardin (1801-1860) indiquent que la collection est complète, respectivement en juillet 1823 et juillet 1839.

En 1855, Alexandre Leymerie (1801-1878), professeur de minéralogie, indique dans la revue de l'Académie de Toulouse que la collection Picot de Lapeyrouse a été séparée et intégrée, avec d'autres minéraux, dans 3 nouvelles séries: la collection générale, la collection pyrénéenne et la collection des caractères. Les cartes à jouer ont été séparées des spécimens pour y ajouter de nouvelles étiquettes actualisées avec les progrès de la Science. Raymond Pulou, professeur de minéralogie (1920-2018) relate que les minéraux étaient posés sur des supports carrés en bois vernis noir dont la face antérieure est ornée d'une étiquette individuelle détaillée.

A l'automne 2002, les collections minéralogiques quittent les allées Jules Guesde pour être transférées dans les réserves du Muséum de Toulouse, le temps que l'Université trouve des locaux adaptés. En Septembre 2014, la collection est transférée des réserves du muséum de Toulouse vers le campus de l'université Toulouse III - Paul Sabatier. Les échantillons sont triés à la fin de la décennie 2010 pour retrouver l'organisation originelle de la collection et l'isoler des restes des minéraux des collections patrimoniales universitaires.