Comme la chaire, le banc d'oeuvre et les stalles, le même menuisier, J. Hoën Bernard réalise les confessionnaux, tandis que Paul-Hubert Colin en assure les sculptures. Les deux ont gagné l'honneur de figurer dans la procession des martyrs, peinte par Hippolyte Flandrin.

Jules Salles, dans sa Notice sur l'église parue dès 1849, écrit : "Les confessionnaux, outre leur destination spéciale, servent aussi à la décoration des chapelles et des bas-côtés de l'église. Nous en trouvons quatre dans St-Paul : deux sont placés dans les transepts, deux autres dans les bas-côtés du choeur au-dessous de la procession des Vierges et des Martyrs. Ils portent dans leur ensemble le cachet de l'architecture byzantine, et n'ont d'autres détails de sculpture qu'une feuille découpée pour donner jour à l'intérieur, et la croix grecque qui se dessine sur le fronton triangulaire."

Charles Questel a dessiné lui-même le modèle de ces confessionnaux, qui sont publiés en 1851 dans la Revue générale de l'architecture et des travaux publics.