Le chœur est percé de trois baies historiées représentant le Christ portant sa croix (n°100) entouré de la Vierge à l'enfant à gauche (n°101) et de saint Joseph au bâton fleuri de lys à droite (n°102).

Les verrières du bas-côté nord figurent sainte Marthe au tarasque (n°1), saint Barthélémy (n°3), saint Henri II, empereur romain-germanique portant le glaive et le globe (n°5) et Marie-Madeleine (n°7) reconnaissable au crâne et au pot à onguent présents à ses pieds. Saint Jean-Baptiste (n°9) est représenté dans la chapelle nord-ouest montrant le ciel de sa main droite et vêtu de la melotte.

Les baies du bas-côté sud représentent sainte Philomène (n°2), Saint Louis (n°4) portant la sainte couronne dans sa main gauche, saint Louis de Gonzague n°6) et sainte Élisabeth de Hongrie (n°8). La chapelle sud-ouest est éclairée d'une baie figurant Notre-Dame de la Salette (n°10), les instruments de la passion ornent sa robe et les jeunes bergers Maximin Giraud et Mélanie Calvat sont à ses pieds.

La baie jumelée de la tribune figure saint Jean l'Évangéliste assis à l'arrière d'un aigle et saint Saturnin, patron de l'église, représenté en évêque martyr portant la crosse et la palme (n°112).

Les verrières en partie supérieure (n°103 à 110) sont à motifs décoratifs.