Dans l'ancienne église Notre-Dame-des-Pommiers, les orgues étaient à côté du chœur. Lors de la décision de la reconstruction, on prétend pouvoir les déplacer sur la nouvelle façade. Il apparaît dans les années suivantes, et notamment dans des pièces archivistiques de 1742, que l'on s'interroge beaucoup et que l’on s'inquiète de l'inexistence sur place de personne compétente pour exécuter un tel ouvrage. Néanmoins, un accord est signé le 19 septembre 1742 avec Charles Boisselin, menuisier et facteur d'orgues d'Avignon, qui avait travaillé notamment à Bagnols-sur-Cèze (1701), Saint-Gilles (1703) et à la cathédrale d'Alès (1733). Les choses se passent mal, l'ouvrage est considéré comme mal fait et l'artisan quitte les lieux. Si l'on vérifie sa biographie, il apparaît que Charles Boisselin avait 80 ans en 1742, et un tel chantier n'était peut-être plus de son âge. Pendant les décennies suivantes, le sujet des orgues revient régulièrement mais la fabrique ne peut financer que des dépenses d'entretien, très insuffisantes, et il faut attendre un siècle pour obtenir un instrument neuf.

Les facteurs Hippolyte-César Beaucourt et Jean-Melchior Vœgeli, formés à Lyon, chez l'Alsacien Zeiger, fabriquent en 1847-1848 un instrument entièrement nouveau dominé par les statues en carton pierre de la Vierge de l'Assomption entre saint Joseph et saint Roch. L'ensemble est très monumental et massif en pleine largeur sur l'élégante plate-forme à consoles sculptée, construite en 1742 par le maçon beaucairois Antoine Fressengeat.

Du premier orgue, Louis Bontoux dit qu'il n'y a nulle trace, si ce n'est la date de 1787 sur la balustrade en fer. Il était placé plus bas. « Et la grande fenêtre murée de la façade orientée vers le sud, faisant pendant à la fenêtre nord, récemment ouverte à la même hauteur dans l'abside (par la générosité d'un paroissien éclairé) illuminerait tout l'édifice.» Pour l'orgue de 1847, l'auteur dit que tous les détails lui en sont connus grâce à leur consignation précise dans un registre. Beaucourt et Woegeli veulent mettre en valeur l'école allemande des facteurs d'orgues. Le rapporteur suit les idées de cette maison alors que dans le même temps Aristide Cavaillé-Coll est en pleine gloire (1847 est l'année des orgues de La Madeleine).