Les orgues à trois côtés de l'église Saint-Paul ont conservé leur buffet d'origine. Les Cordeliers délibèrent en novembre 1773 pour l'acquisition d'un instrument neuf, dont il reste le buffet Louis XVI. L'ensemble est sommé des conformités franciscaines : le bras nu du Christ croise devant la croix le bras habillé de saint François. Les deux bras portent les stigmates et la représentation condensée fait du saint un alter ego de Jésus. Des pots à feu et de magnifiques panaches sculptés aux plumes retombantes couronnent les orgues tandis que les nœuds en ruban retiennent de façon illusionniste des instruments provençaux de musique baroque : musette, castagnettes en bois et hautbois languedocien à gauche, guitare, flûte à bec et hautbois à droite.
En 1806-1807, Dominique-Hyacinthe Cavaillé-Coll est à Beaucaire ; il relève l'orgue et l'entretient jusque vers 1815. L'instrument est modernisé en 1896 puis refait en 1930 par Merklin & Kuhn.
