Les premières orgues sont installées dans l'église paroissiale au cours des années 1432-1433, l'étain ayant été payé à Toulouse 11 livres le quintal (Cabrol, t. I). En 1506, le chapitre passe un bail à prix fait avec Castel, prêtre de Muret, pour faire les orgues pour la somme de 26 écus petits ; le "plomb d'étain" est acheté en février 1507 et le buffet est réalisé par le menuisier Hugues Solages en 1508 ; les nouvelles orgues sont installées dans la chapelle Saint-Luce (Cabrol, t. I, p. 532, 533, 535). Elles sont réparées en 1537 (Cabrol, t. I, p. 609).

Le 3 septembre 1626, le syndic du chapitre et les consuls passent contrat avec Me Claude Guilhemin, de la ville de Dorat en Basse-Marche (Limousin) pour le réfection presque complète des orgues moyennant la somme de 1060 livres (Cabrol, t. II, p. 238).

Les orgues sont reconstruites par Théodore Puget en 1848 avec réutilisation de 6 jeux anciens d'avant 1650.

Après le classement de l'orgue au titre des Monuments historiques en 1976, différents projets de restauration sont étudiés "par Jean-Pierre Decavèle, technicien conseil et maître d'oeuvre, et par Xavier Darasse, membre rapporteur à la Commission des Monuments Historiques (remplacé après son décès en 1992 par Pierre Perdigon). (…) Le projet finalement retenu est un seul instrument, de style « gothico-classique » qui permet de préserver le patrimoine le plus exceptionnel : des éléments du buffet gothique de 1506 / 1537 (il est intéressant de noter qu'il n'y a qu'une dizaine d'orgues à buffet gothique en France) et les tuyaux les plus anciens (1537 / 1626 / 1675). Il comporte 18 jeux répartis sur 2 claviers et un pédalier. La restauration est confiée à l'atelier de facture d'orgue Pascal Quoirin (Vaucluse) (…) L'inauguration a lieu le 27 Avril 1999, par Pierre Perdigon." (texte de l'Association pour le Développement et le Rayonnement de l'orgue en Aveyron).