Le bénitier et le lavabo semblent les éléments les plus anciens de l'église qui conserve deux tableaux de la fin du 18e siècle, tous deux situés avant le chœur. L'un représente l'évêque saint Paul de Narbonne, le second, peint par Jacques Gamelin vers 1798, figure saint Pierre. C'est un ex-voto : il porte dans le coin inférieur droit une inscription qui rappelle la fameuse tempête du 10 ventôse de l'an V dont le souvenir se perpétue par une procession à la chapelle des Auzils. L'autel de la chapelle de la Vierge et la statue qui le surmontent datent de la campagne de travaux de 1786 (Yché, p. 43). La chapelle occupe l'ancienne entrée de l'église et son installation suscite la création d'un nouveau porche à la base du rocher. C'est aussi lors de ces travaux qu'est installé le maître-autel, don de l'archevêque Arthur Jean Dillon qui est une copie réduite et simplifié de celui de la cathédrale de Narbonne. Le choeur est alors clôturé par un appui de communion en marbre incarnat de Caunes comme les six colonnes de l'autel.
Le maître-autel précédent était orné d'un retable en bois où était enchâssé une toile figurant l'Assomption de la Vierge. Les auteurs, tous deux narbonnais, étaient Pierre Cazalbon pour la sculpture et Barthélémy Aurès pour la peintre. Il avait été commandé par le chapitre de Saint-Just de Narbonne en 1666 (Yché, p. 44).
Une église vidée à la Révolution
A la fin des années 1780, le mobilier de l'église est en partie renouvelé. La fabrique avait acquis une croix processionnelle de huit pieds en bois lamé d'argent, deux chandeliers, un encensoir et une navette en argent. Les objets en argent achetés par la fabrique sont apportés à Narbonne en 1792 pour être envoyés à la Monnaie et être fondus. La municipalité y joint une petit croix et deux reliquaires en argent. Un second envoi d'objets de l'église a lieu en décembre 1792 et concerne les objets en plomb, cuivre ou étain ainsi que les cloche. Lors de la fouille de l'église le 9 mai 1794, d'autres objets en métal sont saisis, ce qui semble indiquer que les envois précédents avaient été réalisés à reculons. Les objets saisis sont un ciboire en forme de coffre avec la croix, la boîte aux saintes huiles, une croix et son pied, un calice et sa patène, deux grands calices et leur patène, une petite boîte aux sainte huiles portative, un reliquaire avec un grand pied (Yché, p. 33-34).
En 1793, l'église est fort pauvre en ornements et linges sacerdotaux et des destructions ont lieu dans l'église. C'est dans ce contexte que sont détruits les deux anges adorateurs placés de part et d'autre du tabernacle de l'autel majeur, ainsi que la table de communion en marbre de Caunes.
Le renouveau du mobilier dans les années 1840
La tribune est élevée en 1840 qui remplace les gradins taillés dans le roc.
En 1842, un tableau attribué à Vien qui représente Saint Charles Borromée administrant la communion aux pestiférés de Milan, est présent dans l'église de Gruissan. Il est identifié comme lui qui se trouvait, avant la Révolution, sur le maître-autel du grand séminaire des lazaristes de Narbonne. La commission archéologique de Narbonne, qui veut récupérer l'oeuvre, offre 300 F aux membres de la fabrique de Gruissan en contrepartie (Commission archéologique de Narbonne, 1842). L’œuvre est en réalité de Pierre Mignard. Le conseil de fabrique demande en 1846 une indemnisation de 500 F (Commission archéologique de Narbonne, 1846)
C'est à la suite de cette tractation qu'une importante campagne d'aménagements a lieu dans l'église, sous la conduite de son curé Reuil. La chapelle de la Vierge se voit alors dotée de tout un décor sculpté, en particulier deux statues en bois (saint Joseph et saint Dominique) sur lesquels Loubau consent une forte réduction en dédommagement du tableau (Commission archéologique de Narbonne, 1846. Une nouvelle chaire est établie et de nouveaux confessionnaux sont installés. La statue de l'Assomption de la Vierge et le baldaquin de l'autel majeur datent également de cette campagne qui permet de réparer en partie les dommages de la Révolution.
