On ignore presque tout de l'ameublement de l'église abbatiale Notre-Dame de Fontfroide avant son achat par Gustave Fayet. Les archives conservées (AD Aude H 610 ; De soos, p. 41 et suiv.) indiquent la commande d’un retable pour le maître-autel en 1679 et celle d’un nouveau retable en 1724. On répare le maître autel en 1774 pour 5160 livres (AC Aude H 458), et installe deux bénitiers en marbre gris près de l'entrée de l'église alors que l'on commande au maître marbrier Grimes 3 statues représentant la Vierge à l'Enfant, saint Bernard et saint Benoit destinées à orner le sanctuaire. En 1779, le "racommodage de l'orgue" est effectué.

Une gravure illustrant les "Voyages pittoresques et romantiques dans l'ancienne France" de Nodier, Taylor et Cailleux permet d'envisager l'état d'aménagement de l'église au début du 19e siècle. Le choeur était recouvert d'un lambris sculpté et les autels des chapelles latérales équipés de retables aujourd'hui disparus.

On sait que lorsque les Bernardins de l’Immaculée Conception prennent possession de l’abbaye en 1858, l'église était en mauvais était "ouverte à tous les vents" et que les moines ont relevé le maître-autel et les autels collatéraux, fait construire un choeur provisoire pour célébrer les offices et se préserver du froid.

Les moines ont aussi entrepris de faire disparaître le badigeon dont l'édifice avait été recouvert (Occulus, n° 2, p. 15) et se préoccupent surtout de faire replacer des vitraux sur les ouvertures ruinées. Ils font remonter dans le clocher deux cloches offertes en 1861 et 1862 par Madame veuve Miramont de Bizanet.

Après qu'il a acquis Fontfroide, Gustave Fayet met en oeuvre la restauration de l'abbatiale. Les premiers travaux démarrent en avril 1909 et se poursuivent durant le premier quart du 20e siècle puisque la rose occidentale est définitivement mise en place en 1925. En collectionneur averti, il meuble l'abbatiale d'éléments variés dont la provenance reste difficile à préciser mais qu'Yseult (apports Fayet) parvient toutefois à expliciter.

Ainsi fait-il placer un moine tonsuré, qui serait saint Bernard, de la fin du 17e siècle sur une colonne composite portant un mascaron qu’on pourrait voir sur un chapiteau roman et place un relief médiéval en albâtre au-dessus d'un bénitier près la porte de la sacristie. De même, comme par plaisanterie, une Vierge à l’Enfant, symbole de la Rédemption, au déhanché caractéristique du gothique, pose-t-elle les pieds sur un chapiteau roman représentant le péché originel provoqué par Ève. Quelques lanternes de procession espagnoles sont ajoutées (Apports Fayet, p. 30) et l'une d’elle figure sur l’album destiné à la protection de l’abbaye au titre des monuments historiques en 1966. Plusieurs sculptures sont aussi placées dans l'édifice alors que Gustave Fayet demande au ferronnier Trouilhet de réaliser des chandeliers et des porte-cierges.

Certains meubles ont été déplacés au fil du temps mais l'essentiel est encore en place.