Le chœur de l’église Saint-Jacques de Puylaroque date probablement au plus tard du début du 13e siècle, comme le suggère la modénature des chapiteaux feuillagés de l’arc triomphal, et le triplet de baies en plein-cintre du chevet. Il semble que cette partie de l’édifice puisse être antérieure à la croisade des Albigeois dont le passage aurait fortement impacté le bourg de Puylaroque en 1209 : une archive du 19e siècle mentionne un contrat passé en 1200 entre les consuls et un maître maçon (AD Tarn-et-Garonne 2 P 50-1). Au 13e siècle, l’église qui apparaît dans les sources est considérée comme une chapelle, annexe de l’église Saint-Jean de Mazerac qui est alors paroissiale (à l’extérieur du bourg) (textes de 1254 et 1272 cités par Razoua, p. 32 et 33). Le vocable Saint-Jacques qui lui est donné connaît un vif succès entre le 12e et le 14e siècle, et pourrait également attester de cette construction nouvelle à cette période.

Très probablement au cours du 13e siècle ou au début du 14e siècle, un bâtiment est construit contre le mur gouttereau sud du chevet, et une porte est percée contre son pilier sud-ouest (voir plan phasé). Cette construction entraîne aussi l’obturation de la grande lancette sud. Cet édifice est aujourd’hui le presbytère et vu son lien prévu avec l’église dès le départ nous pouvons supposer que c’était sa vocation première (voir IA82118956).

Au début des années 1360, Bernard Carit (†1383), issu d’une famille bourgeoise de Puylaroque et ayant embrassé la carrière ecclésiastique, fonde six chapellenies perpétuelles dans l’église Saint-Jacques de Puylaroque, ce qui entraîne la construction de la grande chapelle nord ouverte sur la travée du chœur et qui condamne la grande lancette nord. Cette chapelle, dédiée à Notre-Dame de Grâce, est dite construite en 1366 dans la bulle confirmative du Pape Urbain V (Moureau, p. 174-177). Ses armes sont représentées sur la clef de voûte de la travée nord de la chapelle : « un lion couronné avec en chef cinq losanges » (base SIGILLA, http://www.sigilla.org/sceau-type/bernard-carit-premier-sceau-74417 ). Cependant, le lion est contourné, il regarde sans doute vers l’enfeu prévu pour accueillir le corps de son fondateur, dans le mur nord.

Cette fondation fait de l’église de Puylaroque une collégiale séculière. La chapelle Notre-Dame était d’ailleurs peut-être liée à plusieurs maisons construites autour du chevet et de la chapelle, visibles sur le plan cadastral de 1835, mais aujourd’hui disparues. Une porte dans le mur à l’est suggère un lien privilégié entre la chapelle et ce bâti. Le texte détaillant l’organisation de la chapellenie mentionne également des revenus utiles à « la réparation des maisons [des chapelains] et de la chapelle elle-même » (Razoua, p. 50).

Dans le dernier tiers du 14e siècle, la partie ouest de l’église est vraisemblablement entreprise. La modénature des lancettes des chapelles suggère cette datation, tout comme les retombées des ogives des chapelles, ou les portes à arc brisé des couloirs et de la tour du clocher.

Cette datation est précisée par le lien de postérité qu’entretien la chapelle nord-est de la nef avec la grande chapelle Notre-Dame (elle est appuyée contre son contrefort ouest, et contre celui du chœur qui a été arasé). Le mur aveugle de la première travée de la chapelle Notre-Dame contre lequel vient s’installer la nef suggère que le projet de celle-ci et de ses chapelles est probablement déjà débuté, peut-être commencé par la partie ouest. Elle est donc vraisemblablement finie après 1366 pour ses parties orientales. Dans les années 1370 des testaments mentionnant des legs à des confréries de l’église Saint-Jacques (Razoua p.54 et 55), attestent sans doute de plusieurs chapelles déjà en activité, même si le couvrement définitif de l’édifice n’est peut-être pas encore achevé.

Le couvrement du chœur est sans doute réalisé au 14e siècle, comme le suggèrent les colonnettes engagées surmontées de chapiteaux feuillagés et le profil des ogives. Le voûtement de la nef est quant à lui peut-être postérieur au Moyen Âge (Gayne, p. 187), comme le laisserait penser le décalage entre le départ des ogives et les supports de la nef.

Dès le 17e siècle, le niveau de sol de la chapelle Notre-Dame et de la nef est surélevé par des sépultures. Les dalles funéraires composant ce sol illustrent d’importantes familles de Puylaroque de ce siècle.

Au 19e siècle, des travaux de couvrement du clocher et la réfection du mur pignon ouest sont entrepris, tout comme des restaurations des voûtes (AD 82, O 586). Les photographies de la fin du siècle illustrent une église qui a un profil similaire à aujourd’hui, notamment la probable réduction de la chapelle Notre-Dame qui avait peut-être une salle haute au-dessus des voûtes vers laquelle menait l’escalier en vis au nord-ouest.

Des embellissements intérieurs sont achevés dans le seconde moitié du 19e siècle : décors peints dans la nef par Henri Petit, vitraux des ateliers Gesta, mobilier par les ateliers Virebent. Les murs du chœur présentaient également des décors peints à cette période, ils sont aujourd’hui mis à nu.

L’autel majeur connait une consécration en 1878 par Mgr Legain, évêque de Montauban.