Molières est une bastide fondée entre 1259 et 1264 par Alphonse de Poitiers, comte de Toulouse sur un territoire déjà occupé et confisqué à ses propriétaires pour cause d'hérésie. Alphonse de Poitiers lui octroie une charte de coutumes en 1270 (cf. Moulenq, 1894). La création de Molières prend le relais d'Espanel (situé à 3 km au nord-est de Molières), où se concentrait jusqu'à cette époque une partie de la population. Molières est le siège d'une baylie comtale puis royale dès 1269.
A son point le plus haut, un château hébergeant le bayle devait dominer la ville à l'extrême nord-ouest. L'agglomération semble se doter de fossés qu'en 1350, au début de la guerre de Cent Ans, comme la plupart des bastides du bas-Quercy. Le "chemin des fossés" suit encore de nos jours leur tracé au nord et à l'ouest de la ville. Placée sur les hauteurs (au nord-ouest), une haute tour de briques était vraisemblablement le dernier témoin de la présence de fortifications à Molières. Elle s'est effondrée à la fin du 20e siècle mais reste encore très présente dans les mémoires comme sur les cartes postales qui l'ont abondamment illustrée (cf. notice d'inventaire sur la tour de Molières, n° IA82118844). La place historique de la bastide, conçue comme pivot de la vie communautaire était vraisemblablement au sud de la ville. Sur le plan de 1834 cette place porte encore le nom de "place de la commune". L'agglomération est très vite devenue un centre politique (bayle royal), mais aussi un centre économique important. Plusieurs notaires et marchands y sont attestés au début du 14e siècle (cf. Hautefeuille, 1998). Molières dépend au départ de la paroisse de Sainte-Arthémie (qui est attestée depuis le 10e siècle) mais rapidement, dès 1264, une église dédiée à la nativité de Notre-Dame est érigée à l'extérieur de la ville dans le faubourg qui se développe de part et d'autre de la route de Montauban à Cahors.
Le noyau primitif de la bastide est implanté en hauteur. Il a conservé son tracé orthonormé et son parcellaire en lanière. Les vestiges médiévaux les plus anciens en élévation ne sont pas antérieurs à la seconde moitié du 15e siècle, ce qui correspond à la fin de l'époque médiévale. Toutefois, il n'est pas exclu que des éléments plus anciens soient conservés en sous-sol. D'après les cartes postales du début du 20e siècle et des photographies de la seconde moitié du 20e siècle, le village détenait encore de nombreuses élévations en pan-de-bois qui ont presque toutes disparues. Aujourd'hui dans le bourg de Molières se côtoient des maisons des 18e et 19e siècles qui ont connu de profonds remaniements au cours de la seconde moitié du 20e siècle ou des maisons entièrement reconstruites à la fin du 20e siècle sur une parcelle héritée, bien souvent, de la fondation de la bastide à la fin du 13e siècle. L'axe dont les façades contemporaines (19e siècle) ont été dans l'ensemble les mieux préservées se trouve dans le faubourg. Il s'agit du tronçon de la route départementale n°959 (avenue de Larchè) situé entre l'église et la mairie. Le milieu du 19e siècle est la période où la population est la plus nombreuse à Molières et depuis, elle n'a cessé de chuter. Les cartes postales rendent compte de la vie commerçante du village encore largement présente au début du 20e siècle.
