Durant l'Antiquité, le territoire de la commune est vraisemblablement occupé puisque diverses prospections ont mis au jour du mobilier antique, des mosaïques, des monnaies, des tegulae, à divers endroits (Espanel, La Maurinie, Sainte-Arthémie, St-Christophe, St-Nazaire). Au Moyen Age, le maillage paroissial est complexe et ne correspond pas aux limites administratives de l'actuelle commune de Molières. D'après Florent Hautefeuille, le territoire est divisé en neuf paroisses (Sainte-Arthémie, St-Nazaire, St-Germain d'Espanel, St-Victor, St-Privat-de-Brettes, St-Amans, St-Christophe, St-Paul et Molières). Elles attirent toutes des habitats mais qui se développent de façon très différente. Les paroisses les plus anciennes, dont l'origine pourrait remonter à l'Antiquité ou au Haut Moyen Age, sont a priori celles de Sainte-Arthémie, de St-Christophe et d'Espanel. La paroisse de Molières est une fondation tardive (fin du 13e siècle) liée à la création de la bastide. Sa fondation a modifié de façon importante le réseau paroissial local. Au Moyen Age, seules les paroisses d'Espanel, de St-Amans et de Molières donnent naissance à des agglomérations qui prennent des formes variées. Espanel est un castrum (village fortifié) d'un peu moins de cent maisons, Saint-Amans un village ouvert avec une trentaine de maisons créées par lotissement et Molières, une bastide. Les témoins architecturaux des 16 et 17e siècles sont rares. Cette absence découle probablement des dégâts causés par les Guerres de religion qui, dès la seconde moitié du 16e siècle, engagent une longue période de troubles opposant les catholiques aux protestants. En 1562, la ville est attaquée par les troupes protestantes et l'église est ruinée en 1567. Au début du 17e siècle quelques reconstructions souvent hâtives sont opérées sur plusieurs églises (Notre-Dame, St-Nazaire, St-Amans, St-Germain) et d'autres édifices importants sont également reconstruits comme le pont du Vert sur le Petit Lembous et la tour de fortification de la ville. Au 18e siècle, Molières est un centre d'échanges commerciaux. La ville est située sur le tracé de l'ancienne route royale de Paris à Toulouse qui venant de Cahors, passe par Castelnau-Montratier, Molières et Montauban. Jusqu'au milieu du 18e siècle, cet axe est de première importance. Lorsqu'à partir de 1767, la nouvelle route royale construite sur le tracé de l'actuelle route départementale n° 820 fait passer par Réalville et Caussade l'essentiel du trafic, Molières perd progressivement de son influence. On constate la construction de nouvelles maisons dans le bourg au 18e siècle mais l'essor économique du bourg ne semble pas toucher les constructions en campagne. En effet, l'essentiel des fermes datent du 19e et du début du 20e siècle. L'apogée des constructions de la commune au 19e siècle est à mettre en corrélation avec la démographie ; Molières atteint un pic démographique en 1841 avec 2599 habitants. A partir du milieu du 19e siècle, Molières connaît un renouveau architectural avec la reconstruction de certaines églises et des nouvelles écoles de la IIIe République. Le village de Molières bénéficie de la construction d'une caserne de gendarmerie, de fontaines publiques, d'une halle... A la fin du 19e siècle et au début du 20e siècle à Molières, des rues entières prennent ainsi un nouveau visage. La baisse de la population au cours de la seconde moitié du 20e siècle correspond aussi à un enrichissement d'une partie de la population, lié au commerce des fruits abondamment cultivés sur les coteaux. Le développement de la culture des fruits (melons, prunes, pêches, cerises, chasselas, etc.) a engendré un renouvellement des constructions, avec dans la plupart des cas, une modernisation des fermes traditionnelles mais aussi la destruction d'une grande partie des bâtiments devenus inadaptés.