A quelques kilomètres à l'ouest du village, le lieu-dit nommé Saint-Maffre est un site occupé dès l'Antiquité, comme l'ont montré les preuves matérielles apportées par des fouilles archéologiques. L'occupation perdure au haut Moyen Age puisque une nécropole avec des tombes mérovingiennes a également été trouvée. L'église de Saint-Maffre, ancien prieuré de l'abbaye de Moissac présente des parties qui dateraient des années 1100. La paroisse de Saint-Maffre est jusqu'au 14e siècle, très étendue. Elle comprend les communes de Puygaillard-de-Quercy et de Bruniquel, qui à cette époque ne possèdent pas d'église paroissiale. L'agglomération de Saint-Maffre ne s'est pas développée à cause de l'essor pris par ces deux villes au 14e siècle. L'origine du village de Bruniquel est inconnue, mais il s'est vraisemblablement formé autour du château construit au milieu du Moyen Age pour surveiller le passage de l'Aveyron, en direction de la ville de Cahors et de l'Albigeois. Aux Temps modernes, la ville est une place de sûreté protestante mais le temple détruit à la fin du 17e siècle n'est jamais reconstruit. Au début du 19e siècle, l'activité industrielle est importante sur la commune. Elle se concentre autour des carrières, des forges de Courbeval puis des forges de Caussanus, des usines à chaux et des briqueteries. Certaines de ces industries se développent particulièrement à partir de 1858, avec l'ouverture au service commercial de la ligne de chemin de fer entre Montauban et Lexos, traversant la commune d'ouest en est. Autour des années 1950 et jusqu'aux années 1990, conscient de sa richesse et de son intérêt patrimonial, des maisons médiévales du bourg de Bruniquel et les forges de Caussanus sont protégés au titre de Monument Historique.