Les parties les plus anciennes de l'église semblent appartenir au début du 14e siècle. En effet, une chapelle située dans l'angle nord-est (on y accède par une porte située dans le chœur à gauche) possède des vestiges médiévaux (départ de voûte, colonnettes, chapiteaux sculptés, niches, etc.). D'autres vestiges, notamment la porte d'entrée au sud et quelques maçonneries pourraient aussi dater de la première campagne de construction. L'église primitive est qualifiée de "neuve" sur la copie d'un texte daté du début du 14e siècle (conservée aux Archives départementales). L'église est vraisemblablement en partie démolie pendant les guerres de Religion (en 1621 ?) puis en partie reconstruite au même emplacement dans les années 1630.
A l'intérieur de l'église, sur l'arc d'entrée dans la chapelle du Saint-Sacrement (au nord), un écusson porte la date : "1649". Cette date correspond à la visite de l'évêque de Cahors dont dépendait alors Bruniquel. En 1686, le temple de Bruniquel est démoli. Les bancs (stalles ?) des consuls et trois autres bancs du temple auraient été replacés dans l'église cette année-là. Au 17e siècle (ou avant ?), l'église comporte un chevet plat sur lequel il subsiste encore des peintures murales. Ces vestiges sont lisibles derrière le chevet actuel. Il s'agit de grands portraits surmontés d'une frise de triglyphes et d'écus.
Au 19e siècle, divers travaux sont engagés. Certains sont détaillés dans un devis estimatif de Lacombe ainé (artiste), en date du 2 septembre 1806 (réfection de la toiture, des planchers et carreaux de pavement des chapelles, enduits et badigeons de chaux dans les chapelles et réfection à l'identique du clocher-mur avec les pierres de taille de la porte d'Alby récemment démolie).
Au début du 19e siècle, le chevet plat est transformé en une abside semi-circulaire et la nef est couverte d'une fausse voûte en anse-de-panier ornée d'un plafond en bois peint. Le grand portail sur la façade ouest porte la date : "1814" de sa réfection. Les cinq grandes fenêtres de la façade sud sont ornées de vitraux à la fin du 19e siècle. Deux d'entre eux ont été conservés. Les trois autres sont exécutés par Jean-Dominique Fleury, au cours du dernier quart du 20e siècle.
