Saint-Agnan tire son nom de son église. Le nom est dérivé d'Anianus ou Aignan, saint évêque d'Orléans au 5e siècle. Une église est établie dans le village dès le 14e siècle. L'église actuelle est entièrement reconstruite dans la seconde moitié du 19e siècle près du cimetière. L'ancienne église, située à l'est du village, a aujourd'hui disparue, les matériaux sont réutilisés pour la construction du nouvel édifice.

Près du village, on peut apercevoir les vestiges du château d'Enjaux qui a abrité Radio-Toulouse dans les années 1930. Le château fut malheureusement incendié par les Allemands à la Libération.

A l'entrée du chef-lieu de commune se trouve une borne Michelin en béton réalisée dans les années 1930. Cet élément du "petit patrimoine" a été rénové récemment.