L’arrivée du train en 1910, conjuguée à l’essor de l’automobile, contribue au développement de la station. La gare de Fontpédrouse dessert Saint-Thomas-les-Bains. Dès 1906, c’est le gendre de Michel Sougné, Jean Poudade, qui prend la direction de l’établissement. Il conduit d’importantes rénovations des installations hydrothérapiques. Au décès de son épouse en 1920, il devient propriétaire de l’établissement. Il se remarie en 1927, et l’exploitation des thermes sera dès lors gérée de père en fils jusqu’en 1981 (ROSENSTEIN, 1997, p.29). En 1923, il fait construire le bâtiment visible actuellement à l’entrée de la station, avec des thermes et des logements. Les installations de soins occupent le rez-de-chaussée et comprennent dix baignoires en fonte émaillée, douches et appareils de humage et de vaporisation. Aux étages, on trouve vingt-six chambres sont certaines avec salle de bains, et la salle à manger. Une passerelle couverte perpendiculaire au bâtiment, abrite les cuisines et un solarium. Elle permet la circulation entre le nouveau bâtiment et les constructions plus anciennes.
La famille Poudade abandonne l’exploitation des thermes de Saint-Thomas en 1981. La commune de Fontpédrouse s’en porte alors acquéreuse. S’en suit un grand projet de réhabilitation, qui prévoit la rénovation du bâtiment des anciens thermes construit par Poudade dans les années 1920 et la destruction des bâtiments anciens pour les remplacer par des appartements établis autour d’une piscine extérieure alimentée en eau thermale courante. La commune souhaitait ainsi rallier la liste des nombreuses stations thermales des Pyrénées-Orientales. Mais le Ministère de la Santé n’a pas reconnu Saint-Thomas-les-Bains comme station thermale. À défaut d’agrément, la commune opte pour un projet plus simple sur le modèle de Dorres, qui exploite des bassins d’eau sulfureuse à des fins de bien-être et de détente, sans indications thérapeutiques. Le site est entièrement rénové dans cette direction. Une partie de l’ancien établissement est aménagé en vestiaires et cafétéria. L’ouverture des nouveaux thermes de Saint-Thomas a lieu le 8 mars 1993 avec l’inauguration du premier bassin. Dès la première année, les bains reçoivent 50 000 visiteurs, alors que la commune en avait prévu moitié moins. Les retombées sont immédiates, et le bassin est rapidement saturé. La commune envisage la construction d’un second bassin et l’agrandissement des structures existantes, inauguré en 1995. L’ancien hôtel se reconvertit en centre de remise en forme et accueille au rez-de-chaussée une boutique qui met en avant des produits cosmétiques à base de plancton thermal de Saint-Thomas-les-Bains.
