Quelques années après la création de commission régionale de Languedoc-Roussillon en 1965, démarrèrent les premières opérations d'inventaire topographiques sur les communes proches de la Méditerranée. Elles étaient destinées à seconder la mission interministérielle, dite « Racine », d’aménagement du littoral languedocien, et ont permis de constituer les premiers dossiers d'inventaire sur le département.

Une opération d'inventaire fondamental est lancée sur le canton de Saint-Laurent-de-la-Salanque dès 1969 conduite par Bernard Sournia, Francine Arnal et Hélène Palouzié. Les cantons de Salses, Argelès-sur-Mer, Arles-sur-Tech, Latour-de-France, Millas et Mont-Louis font à la même époque l'objet d'un inventaire préliminaire.

Entre 1972 et 1984, les communes d'Alénya, Cabestany, Canet-en-Roussillon, Latour-Bas-Elne, Saint-Cyprien, Saint-Nazaire, Saleilles, sont partiellement étudiées. Plusieurs études sont engagées sur les cantons de Prades, d'Olette et de Perpignan.

En 1994, une enquête thématique sur la sculpture monumentale de la IIIe République, menée par Bernard Derrieu à l'échelle du Languedoc-Roussillon, a permis de repérer 91 monuments dans le département qui ont chacun un dossier.

Entre 1997 et 2011, un inventaire du patrimoine industriel est conduit par Michel Wienin sur l'ensemble du département. 40 communes sont concernées par cet inventaire thématique et 90 dossiers ont été constitués mais ils ne sont pas encore mis en ligne. L'étude de la ligne ce chemin de fer sur laquelle circule le Train jaune est engagée à cette époque. Elle aboutit à une publication en 2000 d'un itinéraire du patrimoine : Le Train jaune, un chemin de fer d'exception.

En 1999, Hélène Palouzié étudie le mobilier des communes de Millas, Prades et Vinça. Cet inventaire thématique se poursuit à l'échelle départementale à partir de 2002, grâce à une convention liant la Direction Régionale des Affaires Culturelles et le département des Pyrénées-Orientales qui met en place un programme de travail intitulé "Plan-Objet". C'est désormais le Centre de Conservation et de Restauration du Patrimoine qui coordonne le programme et mobilise si nécessaire les conservateurs-restaurateurs qui interviennent pour la préservation du patrimoine mobilier des communes du département.

En 2003, une opération d'inventaire ponctuelle est conduite sur la commune de Perpignan, menée par Lisabelle Pagniez, Angélique Tréli et Thierry Lochard. Elle a produit une vingtaine de dossiers et sera prolongée dix ans plus tard par une publication dans la collection Focus patrimoine : Perpignan, 1848-1939, la cité et les architectes (Esteban Castaner)

A partir de 2008, une étude thématique sur les coopératives vinicoles et les distilleries est conduite à l'échelle de la Région Languedoc-Roussillon. L'opération a permis la constitution de 110 dossiers à l'échelle du département er la publication d'un ouvrage de synthèse : Caves et distilleries coopératives en Languedoc Roussillon, publié en 2010.

En 2013, le recensement des vitraux anciens opéré en collaboration avec le Centre André Chastel n'a permis de repérer d'œuvres antérieures à l'Ancien Régime dans le département. Entre 2014 et 2018, une enquête thématique complémentaire sur les monuments aux morts remarquables du département signalait 6 édicules sur le territoire et a permis de proposer la protection au titre des monuments historiques de certains d'entre eux.

De 2018 à 2022, fut engagée, avec l'aide de fonds européens, une enquête sur le patrimoine thermal à l'échelle des Pyrénées. Elle mobilisa le service de la connaissance des patrimoines et l'université Toulouse-Jean-Jaurès sur 3 ans et permit la constitution d'un corpus de 120 éléments dans le département des Pyrénées-Orientales (voir le dossier de présentation de l'opération IA31012845). A la même époque des études ponctuelles sur les châteaux et demeures construites par à Viggo Dorph-Petersen ont été menées en partenariat avec l'université de Perpignan mais les dossiers ne sont pas encore formalisés.

Entre 2019 et 2022, la communauté de communes Conflent-Canigo s'est engagée dans une opération de connaissance de son patrimoine. Les communes de la collectivité ont toutes fait l'objet de diagnostics patrimoniaux et de dossiers d'inventaire rédigés par Léonie Deshaye. A la même époque, suite à l'obtention du label IGP, un recensement des bijoux en grenat de Perpignan était engagé avec l'institut du Grenat. L'objectif visé est de faire connaître la fabrication traditionnelle et d'envisager une inscription au patrimoine mondial (voir dossier de présentation de l'opération IA66004940). 190 dossiers ont été réalisés par Laurent Fonquernie sur cette thématique.

Le recensement des œuvres du 1% artistique engagé dans le département en 2023 a pour l'instant permis de localiser 12 œuvres tant dans les écoles primaires, les collèges que les lycées. 1 seul dossier est en ligne.