La gare constitue le point d’arrivée de la ligne ferroviaire Perpignan-Prades, dont le projet porté dans les années 1860 s’inscrit dans une volonté de renforcer l’économie locale. Selon l’ancien directeur des Chemins de fer français, Alfred Picard, la construction de cette ligne se devait de « faciliter l’exploitation des riches minerais de fer du Canigou » [CASTEX, 2017, p.18]. En effet, la vallée du Conflent est reconnue pour son important passé industriel, notamment en matière d’exportation du minerai de fer extrait des contreforts du Canigou puis traité dans les forges et les hauts-fourneaux de Ria, édifiés entre 1859 et 1863 [A.D. 66 : 123 Edt 107].
Les aménagements de la ligne de chemin de fer ont été réalisés en plusieurs temps, dont la section comprise entre Perpignan et Ille-sur-Têt mise en service le 13 Décembre 1868 [CASTEX, 2017, p.48]. Parallèlement à la mise en œuvre de ce tronçon, les représentants politiques ont en projet d’établir une gare à Prades, « à l’entrée de la ville, entre le ravin de la calmeille et le carrefour au chemin de Prades à Clara et à Roufagnes ». Les communes de Codalet et de Ria ont quant à elles demandé à ce que la station soit établie sur la rive gauche du ruisseau de la Basse [A.D. 66 : 123 Edt 107]. Par courrier adressé par le Ministre des travaux publics au préfet des Pyrénées-Orientales le 16 Avril 1870, un avis favorable est émis et le projet approuvé sous certaines conditions. Il est stipulé que « le chemin de Prades à Clara, dans la partie comprise entre la route Impériale et l’entrée à faire à l’Ouest de la gare, sera disposé de manière à servir de voie d’accès pour les marchandises. Cette voie aura au moins huit mètres de largeur » [A.D. 66 : 123 Edt 107]. La question de l’emplacement de la gare fit l’objet de nombreux débats, notamment des habitants de communes voisines. Ceux de Los Masos ont dans ce sens demandé à ce que la gare et sa voie d’accès « soient reportées à un kilomètre au moins en aval de Prades, vers Perpignan (…) afin que la gare soit rapprochée de leur commune » [CASTEX, 2017, p.50].
Le 3 Janvier 1877, le tronçon Bouleternère-Prades ouvre et la gare de Prades est mise en service. Par ailleurs, l’exploitation de la ligne fut rétrocédée par l’État à la Compagnie du Midi, de 1884 à 1937 (gestion par la SCNF) [CASTEX, 2017, p.p. 60 et 66].
Le fer provenant des mines du Salver à Taurinya, était acheminé à la gare de Prades au moyen d’un traînage mécanique, mis en œuvre en 1892 [CASTEX, 2017, p. 63]. Par ailleurs, l’appellation de gare « Prades-Molitg-les-Bains » employée pour désigner l’établissement, est liée à son implication dans le développement des stations thermales, dont celle de Molitg.
Avec l’essor de l’industrialisation dans le courant du 20e siècle, le bâtiment de la gare s’inscrit au cœur de nouveaux quartiers périphériques, dont celui de la cité ouvrière des Castors aménagé pendant la Reconstruction. Les jeunes gens tout juste installés, travaillent alors à la gare de Prades. Par ailleurs, les entrepôts de l’entreprise Chefdebien alors spécialisée dans la production de la poudre sulfosteatite cuprique, se trouvaient à la gare. Dans les années 1970, ces derniers vont être investis par des entrepreneurs en bâtiments et par des maçons de la commune.
Des travaux de rénovation ont été réalisés à la gare de Prades entre 2006 et 2009, dont le rehaussement du quai [CASTEX, 2017, p. 82]. En 2019, le quartier de la gare fait l’objet d’un important aménagement, avec la mise en place d’un pôle multimodal [L’Indépendant, 07/02/2021, article en ligne].