La première mention de l’édifice date de 1346, au moment où Pierre Layla, habitant de Cornellà, lègue deux sous à l’église Saint-Christophe de Llúgols [CAZES, 1977, p.90]. De plus, elle apparaît en tant que possession de Saint-Michel-de-Cuxa. Toutefois, les caractéristiques bâties permettent de situer la période de construction dans la seconde moitié du 11e siècle ou au début du 12e siècle [MALLET, 2003, p.204].
Selon Marcel Durliat, l’église a été placée en 1510 sous le vocable et le pèlerinage de Sainte-Marguerite, puis de Saint-Christophe à partir de 1677. Ce dernier avait en effet été invoqué durant une période de peste [CCRP, Église paroissiale Saint-Christophe de Llugols, 2005]. À cette époque, la paroisse de Ria achète la chapelle de Llúgols et décide d’engager une campagne de restauration, visant à reconstruire le clocheton, reprendre les enduits et à la mise hors d’eau.
Au 17e siècle, la chapelle est convertie en ermitage, comme l’atteste un document de 1688 indiquant l’existence de l’« hermita de Sant Christofol de Llugols » [PONSICH, Revue Terra Nostra, Numéro 37, 1980, p.118].
Plusieurs travaux sont entrepris au 19e siècle, notamment en 1821 dont le total de la dépense des travaux réalisés par la Fabrique de Ria est porté à 468 francs. L’entretien et la conservation de l’édifice apparaît au cœur des priorités à la fin du siècle, comme l’atteste la création d’une association en 1867 [CCRP, Église paroissiale Saint-Christophe de Llugols, 2005]. Celle-ci existe toujours (association Saint-Christophe de Llúgols) et a pour mission de contribuer à la restauration de la chapelle-ermitage et la protection du site environnant. De nouveau travaux sont lancés en 1888, à la suite d’un incendie détruisant le local de l’ermite. Le conseil de fabrique ainsi que les propriétaires aisés de Ria s’unissent pour participer aux frais, estimés à 550 francs [CCRP, Église paroissiale Saint-Christophe de Llugols, 2005].
Au cours du 20e siècle, un important chantier de restauration (1977-1997) pris en charge par Mme. Jeanne Camps (ancienne institutrice de Prades) aidée de la municipalité, des habitants de Ria et de l’Amicale Laïque, est réalisé. Ce dernier s’inscrit dans le cadre des chantiers « REMPARTS », dont le savoir-faire a permis de conserver les caractéristiques architecturales traditionnelles du bâti. Cependant, de nombreux éléments seront détruits à cause de l’eau à la fin du siècle, dont la tribune en bois, les retables et les fresques des chapelles latérales.
Dans les années 1990, le logement du desservant qui jouxtait le mur portant le clocheton, est habité par une famille élevant un troupeau de chèvres [TOSTI, BLAIZE, Revue D'Ille et d'Ailleurs, Numéro 22, Avril 1991, p.7]. Une plaque en céramique par ailleurs positionnée au niveau de l’escalier d’entrée de la chapelle, rend hommage à André Monells (1921-2004), « bienfaiteur de la chapelle Saint-Christophe de Llúgols. Elle a été réalisée par le céramiste Eric Freixinos.
