Selon l’archiviste Bernard Alard (1824-1880), l’édifice aurait été un ancien poste romain, utilisé pour la surveillance de la voie dite du Razès, qui passait par le Col de Jau pour rejoindre le Pays de Sault. Des pavés de cette voie se trouvent non loin de l’abbaye [DE POUS, Revue Conflent, 1981, p.107]. De plus, cette situation stratégique laisse supposer que l’abbaye possédait également la fonction d’hôpital de montagne [RAMOS I MARTÍNEZ, PUIGFERRAT I OLIVA, LÓPEZ I GUTIÉRREZ, 1995, p.460]. Par ailleurs, le lieu recevait les signaux d’alertes de la tour de Mascardà à l’époque médiévale.
La première mention de Sainte-Marie de Jau ou de Clariana remonte à 1162 (« monasterium Sanctae Maria de Cleriana »), au moment où l’évêque d’Elne, Artaud III, soumet l’abbaye à celle d’Ardorell (diocèse d’Albi), avec le consentement d'Arnaud de Mosset et de ses frères [CAZES, 1977, p.57]. Cette date marque la fondation d’un véritable monastère cistercien, considéré comme étant le plus ancien de la Catalogne du Nord. Ce dernier détenait de nombreuses terres sur le territoire du Conflent, dans les environs de Mosset et dans tout le massif du Canigou. Il a également fondé plusieurs fermes dans le Roussillon, caractéristiques des établissements cisterciens [RAMOS I MARTÍNEZ, PUIGFERRAT I OLIVA, LÓPEZ I GUTIÉRREZ, 1995, p.461].
A partir du 14e siècle, l’abbaye fait face à des difficultés qui l’entraînent vers sa décadence progressive. D’importantes mésententes sont attestées dans la seconde moitié du siècle, notamment entre les moines et l’abbé Bertran qui dirigea le monastère de 1359 à 1373 environ [RAMOS I MARTÍNEZ, PUIGFERRAT I OLIVA, LÓPEZ I GUTIÉRREZ, 1995, p.461]. Le titre d’abbé de Jau fut détenu entre 1706 et 1778 par Josep Xaupí, importante figure de la théologie à Paris. Placée sous le patronat de Saint André en 1706, l’abbaye est ensuite détruite, dont l’état d’abandon est évoqué dans un document daté de 1713. Le dernier abbé, Armand-Ferdinand de Laporte, conservera son titre jusqu’en 1802 [RAMOS I MARTÍNEZ, PUIGFERRAT I OLIVA, LÓPEZ I GUTIÉRREZ, 1995, p.461].
Autres mentions : 1224 : Sancta Maria de Yau / 1264 : Domus Sanctae Marie de Javo / 1281 : Monasterium Sanctae Marie de Jau / 1309, 1312 : Domus Sanctae Marie de Javo / 1347 : Ecclesia Sanctae Marie de Javo / 1395 : Monestir de Jau / 1435 : Abbatia de Javo / 1750 : al monastir [PONSICH, Revue Terra Nostra, Numéro 37, 1980, p.113].
L’édifice est signalé sur le cadastre de 1811, sous la dénomination « Mounesty ».
