L’histoire de Saint-Michel de Cuxa est intimement liée à celle de la communauté religieuse de Saint-André d’Eixalada, localisée au 9e siècle non loin des sources thermales de Thuès. En 878, une importante crue de la Têt emporta le monastère ; les survivants quittent alors le territoire et viennent s’installer à Cuxa, avec à leur tête un certain Protasius [HENRION, 2017, p.2]. Une première église de taille réduite et dédiée à Saint Germain d’Auxerre, très certainement existante au moment de leur installation, est agrandie avec la construction de nouveaux bâtiments (879) [PONSICH, 1970, p.20]. De nouvelles églises vont être consacrées au 10e siècle ; il s’agit de celle dédiée à Saint-Michel et de l’église Saint-Germain, consacrée en 953 [BARRAL I ALTET, 1986, p.3]. De cette dernière, aucun vestige n’a pu être conservé. De nouveaux travaux d’envergure vont être menés quelques années plus tard, notamment avec la construction de l’église Saint-Michel, consacrée le 28 septembre 974, sous l’égide de l’abbé Garin (964-996). Au cours de cette période, le monastère placé sous la protection des comtes de Cerdagne, gagne en prospérité et son rayonnement économique et religieux s’étend dans tout le Conflent. Il comprend à cette époque une nef unique terminée par une abside rectangulaire, ainsi que deux bas-côtés communiquant avec des arcades. L’abbé Oliba (1008-1046) entreprit des travaux d’agrandissement, avec les constructions de la crypte, des chapelles de la Trinité (supérieure) et de la Crèche (inférieure), ainsi que des parties occidentales du monastère [HENRION, 2017, p.3]. De plus, les deux tours de clocher ont vraisemblablement été construites peu de temps avant la mort de l’abbé [MALLET, 2003, p.196].

C’est sous l’abbé Grégoire (vers 1120-1146) que le cloître et très certainement la tribune-jubé placée dans le fond de la nef, sont édifiés [MALLET, 2003, p.193]. Cette dernière est démolie au 16e siècle et plusieurs fragments qui la composent sont réutilisés, notamment au niveau du logis abbatial tout juste construit et de la porte principale d’accès à l’abbaye [Association culturelle de Cuxa]. Le logis du Grand Sacristain a en effet été bâti à l’emplacement du sanctuaire de la Trinité, comme l’atteste les sources historiques.

Au cours de la révolution, les bâtiments sont vendus comme bien national ; l’état de délabrement du monastère, entraîne l’effondrement d’une partie du toit en 1835 et plus tard du clocher Nord (1938-1939) [MALLET, 2003, p.194]. Le 19e siècle est également marqué par la dispersion des éléments sculptés du cloître et de la tribune, dont plusieurs d’entre eux ont été récupérés par des particuliers. Le sculpteur et collectionneur américain George Grey Barnard, réalisa en 1907 l'achat de 48 chapiteaux, trouvés à Prades et dans les communes alentours. Ces joyaux de l’art roman sont actuellement conservés au sein du musée des Cloisters (Metropolitan Museum of Art) de New-York (U.S.A) [MALLET, 2003, p.194].

Une restauration des bâtiments est entreprise en 1919, grâce aux communautés cisterciennes de Fontfroide et à un mécène laïc. Les colonnes du cloître qui ont pu rester en France, ont été installées dès la fin des années 1940 au niveau des ailes Nord, Ouest et Est, recréant ainsi ce qu’il aurait pu être autrefois [CCRP. Codalet, Abbaye de Saint-Michel-de-Cuxa. 2005]. L’abbaye devenue bénédictine depuis 1965, est actuellement la propriété de la communauté du Monastère de Montserrat (SCI). Celle-ci gère également

Une restauration des bâtiments est entreprise en 1919, grâce aux communautés cisterciennes de Fontfroide et à un mécène laïc. Les colonnes du cloître qui ont pu rester en France, ont été installées dès la fin des années 1940 au niveau des ailes Nord, Ouest et Est, recréant ainsi ce qu’il aurait pu être autrefois [CCRP. Codalet, Abbaye de Saint-Michel-de-Cuxa. 2005]. L’abbaye devenue bénédictine depuis 1965, est actuellement la propriété de la communauté du Monastère de Montserrat (SCI). Celle-ci gère également l'une des dépendances de l'abbaye (grange-ferme), abritant la fromagerie de Saint-Michel de Cuxa, installée depuis 1993 avec 120 brebis laitières.

L’Association culturelle de Cuxa porte actuellement un projet de rénovation et de valorisation de l’abbaye, dont la première tranche a pu être réalisée entre 2019 et le premier trimestre 2021. Les travaux ont porté sur la restauration du logis du Grand-Sacristain en état de ruine depuis les années 1950, avec la consolidation des menuiseries et l’installation d’une structure métallique porteuse, destinée à recevoir les planchers [Réseau européen des sites et des chemins de Saint-Michel, Un projet pour Cuxa, 2021]. La seconde tranche qui vient tout juste de débuter, consiste à reconstruire la façade de la tribune-jubé, à partir du rassemblement d’éléments dispersés dans le monument et aux Etats-Unis. Trois ensembles de fragments ont pu être étudiés, afin de proposer cette anastylose. Il s’agit d’éléments remployés en 1955 dans la porte de l’église au moment des travaux de restauration ainsi que de fragments exposés au sein de la grande salle de l’abbaye et provenant d’un prêt effectué par le musée des Cloisters en 1975 [Association culturelle de Cuxa]. Par ailleurs, de récentes études ont démontré que trois chapiteaux remployés dans le cloître au moment des restaurations de 1970, proviendraient de la tribune. La substitution de chapiteaux neufs taillés par l’entreprise Py, est dans ce sens en cours de réalisation. Afin d’améliorer l’accessibilité de l’édifice, les fondations d’un ascenseur ont également été effectuées. Ce dernier permettra également de desservir un nouvel espace muséographique de présentation des collections, tels que les fragments déposés en 1975 par le musée des Cloisters (prêt sans limitation de durée). L’anastylose de la façade de la tribune-jubé, dont l’essai de restitution numérique a pu être proposée dans les années 2000 par Anna Thirion, doctorante spécialisée dans l’art médiévale, sera également au centre du parcours muséographique (restitution graphique en 3D). Il est par ailleurs prévu d'installer dans le premier niveau de la Maison du Grand Sacristain cette anastylose, réassemblée à partir des fragments conservés (60 %) [Association culturelle de Cuxa].