Un hospice de Templiers ou de chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem destiné à assister les voyageurs passant le Port de Bouchairo est mentionné par les sources dès 1257 et 1270. Cet établissement, devenu hôpital disposait d'une chapelle, à l'origine de l'église paroissiale actuelle et qui prend le vocable de Notre-Dame du Bon Port dès le 14e siècle. C'est à cette époque que la chapelle pourrait avoir été agrandie. En effet, il semble que la partie nord de l'église soit plus ancienne. On y distingue encore la base ancienne d'une tour qui supportait l'ancien clocher-mur et la cage de l'escalier en vis.£A l'époque moderne, l'église connaît de nouveaux aménagements comme la mise en place d'une voûte en berceau brisé et l'installation du retable baroque dans le choeur. L'église est dotée d'une tribune avec galeries latérales.£En 1820, les vestiges de l'ancien hôpital pouvaient encore se voir dans les abords de l'église. Les rigueurs du climat sont telles qu'à cette date l'église s'effondre par le milieu, entrainant le clocher. Un devis est établi en 1823 pour sa quasi reconstruction ainsi que l'adjonction d'une sacristie sur l'emplacement d'un ancien bâti carré attenant au sanctuaire. L'adjudication des travaux a lieu en janvier 1826. Pendant ce temps, le Sieur Bellou de Gavarnie loue pour 200 frcs par an une maison qu'il possède dans le village pour servir d'église et de presbytère provisoires. A nouveau effondrée pour malfaçons, la nouvelle construction de l'église doit être reprise après 1838. Un nouvel autel est mis en place en 1842. En 1851, il est décidé de reconstruire le clocher en réutilisant d'anciennes maçonneries solides au nord-est de l'église, ce qui permettra l'aménagement d'une chapelle supplémentaire. L'adjudication est passée en août 1854 mais les travaux s'éternisent jusqu'en 1878. Le percement d'un portail sur l'élévation sud et l'attribution d'une nouvelle tribune sont consécutifs à ces travaux (1884).£En 1910, des vitraux de Louis Gesta sont installés. La toiture a fait l'objet d'une restauration récente.