Toute la paroisse de Ginouillac était un domaine noble jusqu'à la Révolution (Combarieu, 1881 ; Clary, 1986) ; en 1617, la paroisse Saint-Apollinaire (sic) est annexée à l'abbaye Notre-Dame de Val-Paradis d'Espagnac (Clary, 1986). En 1668, Ginoulliac est qualifié de "prieuré" (L. Greil, 1900).
Les caractères constructifs de l'édifice permettraient d'en situer le premier état au 10e siècle (?), et c'est probablement au 12e siècle que les murs de la nef et du chœur ont été surélevés, tandis que deux portes sont refaites (au sud ?) ou créées (à l'ouest).
Abandonnée après la Révolution, l'église est partiellement ruinée dans les années 1970, quand elle fait l'objet d'une demande de protection au titre des Monuments historiques, qui n'aboutit pas : une restauration de sauvetage est cependant réalisée en 1976 sous la direction de l'architecte des Bâtiments de France.
