Saint-Cirq-Lapopie a été le siège d'un archiprêtré avant le 11e siècle (Foissac, 1933) et jusqu'à la Révolution et des archiprêtres sont connus au moins depuis 1231 (Clary, 1986). La première église, dont subsiste l'abside, peut dater de la seconde moitié du 12e siècle.
En 1416, l'archiprêtré est uni au collège Pélegri de Cahors, dont le syndic est dès lors archiprêtre (E. Albe). L'édifice a été presque entièrement reconstruit et agrandi, sur un plan différent orienté nord-sud, dans la première moitié du 16e siècle : en 1522, l'archiprêtre Ramon Fiamen obtient que les consuls contribuent au financement et le chantier est confié au maître d'œuvre Guillaume Capelle ; les travaux sont interrompus par la mort de l'archiprêtre vers 1538 (Foissac, 1933), et il revient aux consuls d'assurer l'achèvement du nouvel édifice (V. Rousset, 1990). Un bail à besogne est passé en 1548 pour la réparation du clocher et de la tour d'escalier, et d'autres réparations sont faites à l'église en 1583-1595 ; les Rodorel de Conduché y fondent une chapellenie du Saint-Sépulcre peut-être avant 1553, et ils y élisent sépulture (E. Albe).
