La construction de l'autoroute A20 reliant Brive à Toulouse à la fin des années 1990 et le début des années 2000 ont permis de réaliser d'importantes fouilles sur le tracé de cette voie rapide qui traverse la commune de Lamagdelaine du nord au sud. Les découvertes archéologiques ont permis d'attester une occupation par les hommes préhistoriques depuis le paléolithique notamment sur le site des Bosses. L'analyse des vestiges retrouvés sur le site ont permis d'émettre une hypothèse de datation autour de 300 000 avant notre ère. Ce site majeur est devenu une référence incontournable de l'occupation du territoire durant le Paléolithique quercynois.

Le site des Bosses a également révélé des vestiges pouvant correspondre à de l'habitat datant de la fin de l'âge du bronze ou du début de l'âge du fer mais également sous le Haut Empire. L'élément majeur datant du Haut Empire reste bien sûr le passage de l'Aqueduc de Cahors-Divona, qui longe la rive droite du Lot à partir de Vers et ce jusqu'à Cahors.

La connaissance de l'état médiéval de la commune provient des écrits, des vestiges découverts mais aussi d'éléments encore conservés aujourd'hui.

Les fouilles sur le tracé de l'A20 ont révélé des traces d'habitat médiéval sur le site des Bosses et un four à chaux au lieu-dit Las Camps, plus au sud.

Heureuse est cette commune qui a la chance de conserver quatre bories datant de la fin du Moyen Age. Plus au nord figure le moulin de Noaillac dont l'origine serait peut-être médiévale, mais il a été considérablement transformé au fil des siècles.

L'histoire de Lamagdelaine est intimement liée à celle de Laroque-des-Arcs, elle faisait partie de la seigneurie de Laroque. Les vicomtes de Cahors et de Saint-Cirq-Lapopie sont les premiers seigneurs de Laroque dont fait partie Lamagdelaine. Etablis au départ sur le mont Saint-Cirq, ils seraient installés sur une motte à l'entrée ouest du village de Laroque, sur le tracé de l'aqueduc romain, à l'emplacement du château de Polminhac. Ces vicomtes étaient les vassaux de l'évêque de Cahors.

Dans la 2e moitié du 12e siècle, l'essentiel de l'héritage des Saint-Cirq passa aux Laroque puis par mariage fut partagé entre les Gourdon et les Cardaillac au milieu du 13e siècle.

Au 14e siècle, le collège Pélegri de Cahors avait des rentes sur Mels, Miralasse, Lagarde et Savanac (villages composant Lamagdelaine). La tour de Savanac serait toujours la propriété du collège Pélegri au 16e siècle.

Au début du 16e siècle, Pierre du Bousquet est qualifié de seigneur d'Arcambal et du Chantre (hameau de Lamagdelaine) avec justice haute qu'il tient de monsieur de Saint-Cirq. Les seigneurs de Laroque, branche des Gourdon, se faisaient aussi appeler seigneur de Saint-Cirq.

La famille de Gourdon reste les maîtres de Laroque-des-Arcs et de Lamagdelaine jusqu'au 17e siècle.

On dénombre une seule église dans cette commune. Dédiée à sainte Marie-Madeleine, cette église aurait été une chapelle votive qui apparaît dans les sources au 15e siècle. La nef et le choeur sont intégralement reconstruit dans le dernier quart du 19e siècle.

Lors de la création des municipalités en 1789, Lamagdelaine et Valroufié sont rattachées à la commune de Laroque-des-Arcs. Lamagdelaine le restera jusqu'à son érection en municipalité le 24 novembre 1875.

Cette nouvelle commune compte plusieurs villages ou lieux-dits comptant environ 550 habitants en 1880 : le bourg de Lamagdelaine (168 hab.), Savanac (176 hab.), Le Chantre (67 hab.), Miralasse (63 hab.), Mels (57 hab.) et Bassaler (19 hab.).

L'établissement de la route départementale n°13 (actuelle RD 653) dans les années 1840 a très peu d'impact sur Lamagdelaine contrairement à Laroque-des-Arcs. En effet, le tracé passe au sud du village et donne lieu à des réalignements de bâtiments essentiellement sur quelques îlots de Savanac.

L'école serait construite en 1863 pour accueillir les enfants de Lamagdelaine et de Laroque-des-Arcs. Les archives mentionnent que cette maison devait également accueillir une pièce servant de mairie. Les filles arrivées en 1865 étaient installées dans la cave voûtée. Elles n'intègreront le rez-de-chaussée qu'après les travaux de réaménagement vers 1876.