Dès le 12e siècle, l'existence d'un château à Boussagues est attestée dans les actes. Un seigneur de Boussagues apparait dans les textes en 1117, au moment où il donne en alleu son château de Boussagues à Bernard Aton, vicomte de Béziers (Pasquier p. 245). Moins d’un demi-siècle plus tard, en 1164, une transaction indiquant le périmètre argentifère délimité par le vicomte de Béziers, associé à la vicomtesse de Narbonne, inclut le château de Boussagues qui est cité « avec sa mine d’argent » (Fonds Léran, t.114, n°8). En 1189, Raymond Hugues vend à Déodat de Boussagues ce qu’il possède dans le château de Boussagues : " in castello de Bociacis " (Pasquier p. 286).
Ces mentions nous laissent croire que le premier château de Boussagues était le château-haut, mais celui-ci n'est formellement nommé qu’à la fin du 12e siècle. En effet, en 1199, Guillaume Aton de Curvalle remet en gage d'un emprunt à Déodat de Boussagues ce qu'il possède dans le château de Boussagues, à l’exception de la tête du vieux château (caput castri) de Boussagues : " in castro de Bociacis et in suis terminis, excepto capite castri veteris de Bociacis ". (Pasquier p. 288). Dans ce texte, la distinction est clairement faite entre le castrum (bourg) et le caput castri veteris (château-vieux).
En 1364, les habitants de Boussagues se réunissent dans la cour du château de Boussagues : "in curte capitis castri de Bociassis" (Pasquier p. 392) pour l'élection des syndics. Comme le mot "caput" est lié au château-vieux, on peut en déduire que la mention "capitis" dans ce texte désigne elle-aussi le vieux château. D'autres mentions se trouvent dans les actes, mais l'absence de qualificatif ne permet pas de savoir s'il s'agit du château-vieux ou du château-neuf.
Les formes et techniques de construction permettent de dater la partie logis à la fin du 12e et au 13e siècle. La construction peut être attribuée à un Déodat de Boussagues : cependant les seigneurs de Boussagues s'appelant tous Déodat à cette époque, il est délicat d'apporter plus de précisions à ce propos. Les autres bâtiments sont difficiles à dater. Au nord et au sud, les constructions devaient s'accoler au logis comme en témoignent la porte condamnée de l'élévation sud et les traces d'emprise d'une tour au nord. Le mur de l'enceinte castrale est contemporain du logis et la porte à l'est fut fortifiée par la suite par l'ajout de contreforts. Le bâtiment ruiné au nord-est de l'enceinte castrale présente des formes plus avancées dans le 13e siècle et vient s'appuyer sur le mur d'enceinte.
Dans les archives de 1827, Pierre Salles, adjoint à la mairie est le propriétaire d’une terre labourable au village qui se trouve sur la parcelle 115 du cadastre ancien, à l’actuelle place du château-haut (AD Hérault 3 P 2929). L’édifice est d’ailleurs reporté à l'état de ruines sur le cadastre de 1826. L'année d'après, Albert Fabre le décrit. Il mentionne la pierre sculptée de l'élévation est et l'existence d'un "donjon attenant au côté droit de la façade qui a été rasé jusqu'au sol" (Fabre p. 4). La pierre sculptée est toujours visible de nos jours ; quant au donjon il a disparu mais on en observe effectivement les soubassements.
Concernant le bâtiment ruiné situé au nord-est de l'enceinte castrale, plusieurs auteurs l'indiquent comme étant l'ancienne chapelle du château (Brunel p. 671, Fabre p. 4). Fabre précise qu'un massif de maçonnerie à l'une des extrémités signale l'emplacement de la tribune seigneuriale (Fabre p. 4), ce décrochement que l'on peut toujours observer indique effectivement la présence d'un encorbellement.
En dépit de son orientation est-ouest rien ne confirme qu’il s’agisse d'une chapelle, le niveau du plancher et les deux grandes cuves au sous-sol étant en revanche en faveur d'un bâtiment d'habitation ou de communs.
En 2002, l'architecte du patrimoine Laurent Dufoix restaure et effectue un réaménagement intérieur du château. Le dossier de permis de construire indique que seuls les murs extérieurs étaient encore en place et que les éléments de pierres appareillées autour des baies avaient été vandalisés. Les travaux effectués en vue de réaliser une résidence secondaire n'ont pas modifié l'aspect extérieur de l'édifice ainsi que sa distribution intérieure. Les escaliers intérieurs et extérieurs ont été restitués tandis que les brèches existantes ont été conservées pour ouvrir le bâtiment sur l'extérieur.