D'après le fond d'archives Thésan, Pierre Angue indique que le toponyme de La Trinité apparaît dans les textes au 15e siècle : « Item unum…situm al portal Villamanhes confrontatur cum/ Johanne Adhemari Juniore, cum carriera publica eundo a La Trinita… » (Angue p. 73).
En 1199, Guillaume Aton de Curvalle remet en gage d’un emprunt à Déodat de Boussagues ce qu’il possède dans le château de Boussagues, à l’exception de la tête du vieux château de Boussagues (caput castri) jusqu'à l’église Sainte-Marie d’en-haut : « in castro de Bociacis et in suis terminis, excepto capite castri veteris de Bociacis ad ecclesia sancte Marie in sursum » (Pasquier p. 288). Ce texte permet de supposer l’existence de deux églises dédiées à la Vierge : l’église Sainte-Marie d’en-haut et par conséquent l’église Sainte-Marie d’en-bas.
Seul écrit à mentionner l’église Sainte-Marie d’en-haut et à la lier au château-vieux de Boussagues, ce texte a longtemps laissé penser que cette église se situait dans l’enceinte du vieux château (« à l’est du château est un autre bâtiment rectangulaire : c’était la chapelle » Brunel p. 671). Pourtant après observation du bâtiment ruiné dans l’enceinte du château-vieux rien de permet d’affirmer cette hypothèse. De ce fait l’église de la Trinité pourrait être cette église Sainte-Marie d’en-haut, cependant, faute d'autres mentions entre les deux églises il est impossible de l'affirmer.
De plus, la construction d’une deuxième église à Boussagues laisse plusieurs questions en suspens. Est-ce la croissance démographique qui a nécessité la construction d’une nouvelle église ? Il est vrai qu’au 14e siècle Boussagues prend une importance considérable tout comme Villemagne à la même époque, notamment avec la création de l’archiprêtré de Boussagues (Alzieu p.101). Au cours du 14e siècle, la crue qui emporta la nef de l’église Notre-Dame de la Pitié a peut-être dû déterminer le milieu d’implantation de la nouvelle construction et certainement entrainer le déplacement du cimetière de l’église Notre-Dame de la Pitié à l'église de la Trinité.
Pierre Angue estime la datation de l’église de la Trinité aux années 1310-1320 et tente alors de lier ces travaux à l’épiscopat de Déodat, évêque de Lodève (respectivement de 1279 à 1284 et 1302 à 1312) ou à l’abbatiat de Gui qui est cité en tant qu’abbé de Villemagne en 1312.
Selon Fournier, l’église de la Trinité a dû servir dans le cours des 13e et 14e siècles d’église paroissiale commune aux deux villages de Clairac et de Boussagues (Fournier p. 34). Cela pourrait aussi expliquer sa situation isolée. Sa courte période de mise en service peut être liée à la réédification par Guillaume Merle de l’église Notre-Dame de la Pitié au 16e siècle.
L’abbé Gérard Alzieu assure que du 15e au 18e siècle, l’église de la Trinité fut l’église paroissiale de Boussagues, mais qu'en 1749 elle ne l’était plus (Alzieu p. 101). L’édifice est d’ailleurs indiqué en tant que bâtiment ruiné sur la carte de Cassini, dans la deuxième moitié du 18e siècle.
Pierre Angue signale que toutes les parties effondrées, appareil et sculptures ont été évacuées lors d’un nettoyage des lieux dans les années 1970, le lieu aurait été utilisé comme carrière dans les années 1990. L'article de Pierre Angue publié dans le n°14 du Bulletin de la Société archéologique et historique des Hauts-Cantons de l'Hérault présente une étude complète de l'édifice à laquelle s'adjoignent des relevés très intéressants.
Le monument bien que ruiné conserve une architecture et un décor sculpté de qualité. L’homogénéité du matériau et de la technique ainsi que l’unité du décor sculpté révèlent que l’église de la Trinité a été édifiée lors d’une même et courte campagne de construction au début du 14e siècle. La qualité de l'édifice laisse à penser qu'il s'agit de la commande d'un personnage d'une certaine importance.
