L'abbaye de Berdoues est fondée autour de 1134 par Walfred Gauthier, abbé de Morimond à la demande du comte Bernard IV d'Astarac et de son fils Sans. Il semble que l'abbaye ait été fonctionnelle à la fin du 12e siècle puisque les textes attestent de la consécration des autels avant 1170, de la présence d'une infirmerie en 1191 et du chapitre en 1250. Son histoire est assez bien connue grâce à la publication en 1905 de son cartulaire par l’abbé Cazauran.

La communauté de religieux reçoit de nombreux dons et devient assez puissante pour fonder 4 bastides dont Mirande et Pavie en 1281 et plusieurs abbayes dont Panselve, Flaran et Eaunes. Le rôle politique joué par l'abbaye cistercienne fut important. Elle contrecarra les ambitions du comte d'Armagnac avec l'aide d'Eustache de Beaumarchès, sénéchal du roi de France, dont elle renforça longtemps le pouvoir. L'abbaye compte une vingtaine de moines lorsqu'elle est mise en commende vers 1350.

En 1666, le pape Alexandre VI autorise les cisterciens à résider dans des cellules individuelles et cette décision entraine la reconstruction des bâtiments canoniaux et d'importants travaux : le grand vestibule avec son escalier monumental sont construits à cette époque.

Vendue aux enchères le 27 août 1791, l'abbaye est achetée par le comte Pierre de Montesquiou pour 46.500 Francs. Il émigre en 1792, ses biens confisqués sont revendus au "citoyen Xaintes" de Ponsampère qui utilise l'abbaye comme carrière de pierre et dont le mobilier est dispersé : en 1806, il vend le maître autel, le retable et sa toile de l'Assomption à l'église de Mirande de même que les stalles qui sont dispersées dans les églises de Mirande, Saint-Orens d'Auch, Miramont d'Astarac. En 1842, le cloître a presque entièrement disparu.

En 1878, encouragé par l'archevêque d'Auch, Pierre-Marie-Géraud, l'abbée Darées, curé de Berdoues, rachète les vestiges de l'abbaye et y installe, avec l'aide des soeurs de la Sainte Famille, un orphelinat agricole. C'est l'époque à laquelle est construite la chapelle. Elle est sensée avoir été construite sur les 3 premières travées ouest de la galerie occidentale du cloître

En 1905, l'abbaye est à nouveau vendue, cette fois ci, à la famille Saucède. Quelques années plus tard, les éléments du cloître sont retrouvés dans une villa du Centre de la France, transformé en "veranda". Démonté à nouveau, le cloître est acquis quelques années plus tard par Paul Gouvert, marchand d'art parisien, à l'origine d'une transaction qui fit de Hermann Göring le propriétaire de 400 éléments du cloître dès 1940 ou 1941. Le maréchal avait le projet de les remonter au château de Veldenstein (Neuhaus/Pregnitz). Devenus propriété de l'état de Bavière, et conservés après la guerre par le Germanisches Museum de Nuremberg, ces éléments sont restitués à la France et déposés dans l'aile nord de l'abbaye le 24 novembre 2003.

Cette restitution entraine un projet de reconstruction du cloître. Des fouilles sont alors engagées en octobre 2005 pour en préciser les caractéristiques. Menées par Mélanie Chaillou, pour la société Hadès, elles ont permis de retrouver la galerie ouest et permis de comprendre qu'il était plus grand que ce qu’envisageait un plan du début du 20e siècle. Les nouvelles fouilles, menées à l'été 2006, ont confirmé l'hypothèse.