Des outils du paléolithique supérieur et du néolithique ont été retrouvés sur le plateau de Navère situé au nord-est de la ville. A l'époque celtique le promontoire rocheux qui s'élève à 100m et le plateau de Lamarque sont occupés par un oppidum protégé par un fossé. Les Lactorates pactisent vite avec Rome et obtiennent le privilège de former une république. Durant les quatre premiers siècles de notre ère la ville antique, Lactora (environ 5000 habitants), prospère à Pradoulin, près du Gers et au croisement des voies Bordeaux-Narbonne et Agen-St Bertrand de Comminges. Deux temples, l'un dédié à Jupiter et l'autre à la déesse Cybèle, existent cependant sur la hauteur. Une vingtaine d'autels sacrificiels en pierre ont été conservés. De grandes exploitations agricoles parsèment la campagne. Les invasions du début du 5e siècle causent l'abandon de la ville basse et le repli sur la hauteur. Un rempart fait de blocs en remploi est alors élevé. Un évêché est mentionné à Lectoure dès le 6e siècle et un prieuré clunisien est fondé en ville basse, à Saint-Geny, vers 980. Dès 864, Lectoure appartient à la Vicomté de Lomagne, partition du duché de Gascogne. Ce dernier passe en 1032 dans la mouvance du Duc d'Aquitaine et en 1152 Aliénor l'apporte en dot à Henri Plantagenêt, bientôt roi d'Angleterre. Une nouvelle cathédrale est érigée au 12e siècle. L'Evêque Géraud de Monlezun la fait agrandir et en 1273 il conclut un paréage avec Edouard 1er, roi d'Angleterre, lui cédant la moitié de ses droits sur la ville. Une ville neuve semble s'établir sur la hauteur et plus de 3 km de remparts sont élevés dans les années 1280. Trois ordres masculins s'installent à Lectoure de 1282 à 1289 : les Carmes, les Dominicains et les Franciscains. De hautes maisons en pierre sont construites sur deux lignes situées de part et d'autre de l'axe principal, en retrait. L'exemple le mieux conservé est la tour d'Albinhac. Ce sont probablement des échoppes en bois qui bordent la rue. Les quartiers d'artisans sont situés près des remparts. La coutume de Lectoure est rédigée en 1294. Les comtes d'Armagnac prennent possession de la ville au milieu du 14e siècle. Ils établissent à Lectoure la capitale de tous leurs états et construisent un château à l'extrémité de l'éperon. Lors des guerres franco-anglaises les Armagnacs prennent le parti du roi de France mais Jean IV et Jean V ont une politique moins claire et leurs possessions au sud de la Garonne, en Rouergue et en Auvergne sont si grandes qu'elles inquiètent les rois de France. L'excommunication de Jean V pour relation incestueuse avec sa soeur donne l'occasion à Louis XI de faire le siège de la ville de 1472 à 1473. Symboles de la richesse de la ville, les derniers étages des maisons de la rue principale sont détruits. Une sénéchaussée royale est établie à Lectoure, les années qui suivent le siège sont consacrées aux réparations et aux reconstructions, mais la ville ne retrouvera jamais sa splendeur médiévale. Louis XI dispense de taille les personnes souhaitant s'installer à Lectoure et la ville renaît. La cathédrale étant presque entièrement détruite, on reconstruit le clocher et la façade occidentale entre 1487 et 1495. Le clocher est coiffé d'une flèche de 33 mètres qui sera démontée peu avant la Révolution. Tout le système défensif de la ville (avec ses douze portes) est refait de la fin du 15e siècle au début du 17e siècle. De cette époque datent les bastions situés à l'entrée de la ville, le Boulevard de Fontélie et la tour nord-est des remparts, celle de Corhaut, qui prendra le nom de Tour du Bourreau au 18e siècle. En 1513, Lectoure accueille environ 2000 habitants en six quartiers urbains et un peu plus à la campagne. Les habitants ont pris le parti de la Réforme et le milieu du 16e siècle est tourmenté par les guerres de Religion : la cathédrale est partiellement détruite en 1561. Le 17e siècle est celui de l'affirmation de la religion catholique. Les parties hautes de la nef et le choeur de la cathédrale sont rebâtis, trois couvents sont fondés (par les Clarisses, les Carmélites, les Capucins), le Collège des Pères de la Doctrine Chrétienne est édifié et l'Evêché est reconstruit par Hugues de Bar. L'Hôpital du Saint-Esprit date aussi de cette époque. Grâce à la paix revenue et aux diverses fonctions de la ville (religieuses, administratives, judiciaires, militaires et intellectuelles), la population augmente. Le Faubourg Saint-Gervais s'étoffe, agriculture et artisanat se développent. Au 18e siècle la ville se démilitarise et se pare d'édifices imposants : dès 1754 la Tannerie royale remplace un quartier de tanneries situé juste sous le rempart méridional, en 1766 un hôpital est élevé par l'évêque Narbonne-Pelet à l'emplacement des ruines du château et le nouveau collège est reconstruit à partir de 1772. De riches demeures sont construites devant les habitations médiévales, en bordure de la rue Royale, actuelle rue Nationale, et leurs dépendances sont bâties à l'arrière. Les boutiques sont rassemblées le long d'une rue transversale. La commune compte 6200 habitants en 1770. On arase les sommets des remparts puis on démantèle la porte Saint-Gervais, porte principale de la ville. Situé à la limite de la commune de Pauilhac, le hameau d'Aurenque devient commune autonome en 1789. Lectoure est sous-préfecture et chef-lieu d'arrondissement en 1800 et l'Evêché de Lectoure est supprimé en 1801. Au 19e siècle, Lectoure est un grand bourg rural donnant neuf foires l'an et la campagne compte 205 métairies. Les maisons qui se construisent ou se transforment rue Nationale sont souvent pourvues d'une boutique en rez-de-chaussée. Entre deux batailles aux côtés de Napoléon, le Maréchal Jean Lannes, natif de Lectoure, vit dans l'ancien Evêché qu'il avait acquis en 1800. Sa veuve en fait don à la commune et en 1820 le Tribunal de première instance, la Mairie, la Justice de paix et la Sous-Préfecture s'installent dans le bâtiment. L'extrémité de l'éperon reste sans issue jusqu'au percement de la route en 1838. Suite à un incendie, la Halle du 16e siècle est refaite en 1846. Le chemin de fer transporte des voyageurs de 1865 aux années 1960. L'Eglise paroissiale du Saint-Esprit est édifiée en 1868 à partir de la chapelle des Carmes. Le marché couvert, halle métallique, est construit en 1882 et la Poste s'y installera en 1990. La population lectouroise diminue dès 1880 et à partir du 20e siècle la ville ancienne se dépeuple au profit de nouveaux quartiers situés sur le plateau, plus facile d'accès. De cette époque on retient le réservoir d'eau potable construit en 1902. En 1926 la ville n'est plus sous-préfecture, et foires et marchés sont presque tous délaissés. Le dynamisme revient dans la seconde moitié du 20e siècle avec la diversification et l'intensification des cultures, la création de petites unités industrielles (deux zones le long de la RN21) et l'essor du secteur tertiaire. A la limite des 20e et 21e siècles, l'économie se tourne vers le tourisme avec le pèlerinage jacquaire (voie du Puy-en-Velay), le thermalisme et le patrimoine. Une ZPPAUP (Zone de protection du patrimoine architectural, urbain et paysager) de 774ha est créée en 2005.