En 1743, Mgr de Montillet, archevêque d’Auch, souhaite réunir le nouvel hôpital général et l’ancien hôpital Saint-Sébastien situé dans le quartier de la Treille. Une chapelle commune doit être bâtie au centre, entre les deux hôpitaux. La construction prend plus de temps que prévu et est finalement achevée après 1760, pour l’hôpital, et en 1784, pour la chapelle.£En 1929, André Francou, architecte, procède au réaménagement de la chapelle. Il dresse à cette occasion un plan et des coupes de l’édifice qui permettent de connaître ses dispositions d’origine. Du côté nord, un couloir fermé par une cloison légère desservait les parties latérales du bâtiment central. Une tribune était aménagée contre le mur nord de la chapelle, portée par trois arcs en plein-cintre soutenus par des colonnes. Le chœur était séparé de la nef par une grille. La chapelle conserve le retable monumental en marbre, œuvre des frères Mazzetti réalisée au cours de la seconde moitié du 18e siècle. Il est inscrit au titre des Monuments historiques.£Les travaux exécutés en 1929 consistent en l’aménagement d’un oculus au centre de l’élévation nord, la création d’une porte de service au rez-de-chaussée, l’installation de l’escalier en vis pour accéder à la tribune, la réfection du plafond, la transformation des deux fenêtres sud et la modification de la totalité du décor. Les vitraux sont datés de 1929 et ont été réalisés par Saint-Blancat, à Toulouse. Les deux scènes peintes dans les niches sont signées de René-Marie Castaing et datées de 1930. Les tympans des deux fausses niches sont aussi signés de la même main, mais ne portent que l’inscription « R.M.C. ». Le reste du décor peint n’est pas signé. La clôture de chœur et la chaire datent certainement de cette campagne de remaniements, tout comme le sol en terrazzo et mosaïque.£À une date inconnue, vers le milieu du 20e siècle, un escalier monumental est aménagé au nord de la chapelle. Sa construction entraîne la réduction de la longueur de la chapelle, passant de 24 à 14,50 m. Un mur est bâti afin de fermer la chapelle au nord et les arcs qui portaient la tribune sont conservés au centre du vestibule. Les espaces intérieurs de l’hôpital ont été très fortement remaniés tout au long de son histoire. Seule la chapelle est relativement bien conservée, dans son état de 1929, mais amputée du tiers nord.£La chapelle était probablement dédiée à la Vierge.