Ce prieuré est mentionné dans la bulle du pape Calixte II parmi les possessions de l'abbé de Saint-Gilles en 1119. L'acte d’installation de Jean-Louis de Rovérié de Cabrières, chanoine de la cathédrale de Nîmes mentionne l'état de ruine de l’église de Saint-Geniès en 1600. Il entame sa restauration deux ans plus tard. L’église est ensuite démantelée par le duc de Rohan en 1627 puis incendiée en 1704 par les camisards sous la conduite de Cavalier. L’emploi des termes de ruine ou de démantèlement est sans doute à modérer. Il est plus probable que l’édifice ait subit des phases de dégradations (iconoclasme, destruction des voûtes ou de la toiture…) mais ait conservé ses fondations d'origine. Les archives ne font par ailleurs pas mention d’une reconstruction au cours du XVIIIe siècle et l’édifice est présent sur le cadastre Napoléonien au début du XIXe (parcelle 353). L’escalier en vis de Saint-Gilles montant au clocher et la partie inférieure des élévations semblent aller dans le sens d’une fondation romane au XIIe siècle.

À la lecture du bâti et des différents plans, la parcelle semble avoir connu des remaniements. En 1811, l’église présente ainsi sur le cadastre Napoléonien un volume rectangulaire s’achevant par une abside semi-circulaire de moindre dimension. Seul le bras du transept forme une avancée dans l’élévation sud. Dans l'élévation nord, aucune trace d’arrachement ne subsiste mais la maçonnerie de la chaîne d’angle semble différer de l’ensemble du gros-œuvre en partie inférieure. Il est donc possible d’envisager la présence d’un volume au nord-ouest jusqu'en 1811. Cette pièce, détruite à une date indéterminée, n’est toutefois plus présente sur le plan de restauration de 1857.

Face à une population majoritairement protestante le ministère des cultes propose un transfert d’usage. Une enquête du 16 germinal de l’an XI (6 avril 1803) confirme la concession de l'église catholique à la pratique des deux cultes. Ce double usage est accordé en échange de la participation de la communauté protestante à l’entretien du bâtiment. L'édifice est, selon la tradition orale, transformé en temple de la Raison après la Révolution.

Le curé Joseph Baus fait part, lors de la visite de monseigneur Plantier en 1859, de son souhait d’agrandir l’église. La restauration est entamée dans la seconde moitié du XIXe siècle (1857-1866) sous les directives de l’architecte diocésain Henri Révoil.

Le devis de 1859 mentionne les ouvrages suivants : voûte exhaussée, sanctuaire reconstruit à la suite de l’ancien édifice, restauration des chapelles latérales, enduits extérieurs et pavement. Les matériaux utilisés sont détaillés, la maçonnerie est en pierre de taille et en moellons, les chapiteaux en plâtre, les voûtes en briques recouvertes de plâtre, le pavement de la nef et du chœur sont en dalles de Montpellier, celui des chapelles en terre cuite et la porte est en bois de noyer. Ces réaménagements sont visibles dans les maçonneries par les multiples baies comblées qui subsistent en partie inférieure. La surélévation du bâtiment en moellons moyennement équarris entraîne ensuite le percement de nouvelles lancettes. La façade et le clocher sont également agrandis pour s’harmoniser avec la nouvelle hauteur de l’édifice.

Le montant initial s’élève à 9 613,71 francs répartis initialement entre des souscriptions volontaires et un soutien de 2 000 francs du ministère des cultes. L’adjudication est passée en faveur de l’entrepreneur Auguste Porcheron le 11 mars 1860. Les démolitions sont entamées un mois plus tard mais le chantier est suspendu dès 1861 par manque de financement. Le sous-préfet demande aux communes de Saint-Geniès, Sauzet et Montignargues de participer au financement (8 000 francs) pour permettre sa reprise. La bénédiction a lieu le 14 juillet 1866 et la réception définitive des travaux est établie le 20 août. Le montant final de la restauration s’élève à 13 050,36 francs, hors honoraires de l'architecte.

Jean Lamoureux prend possession du titre de Saint-Geniès en 1872 : il enrichit l’église des vitraux et de décors peints. L’annexion d’une sacristie est projetée en 1874 pour la somme de 1 852,60 francs par l’entrepreneur Alexandre Porcheron selon les plans de l'architecte Tarnon. Le devis nous renseigne sur l’origine des matériaux : la pierre provient des carrières de Beaucaire, le moellon des coteaux environnants, la chaux des fours de Gajan et le sable des lits du Gardon. La même année deux cloches sont offertes pour le clocher. Au XXe siècle, l’ancien pavement irrégulier est remplacé par des dalles en béton ciment pour 2 000 francs.