L'occupation d'Alet avant la fin du 10e siècle n'est pas connue. Les érudits du 19e et du 20e siècle ont souvent affirmé qu'une ville existait déjà sur le site durant l'Antiquité, mais aucun vestige ne permet d'attester une telle occupation. L'abbaye est mentionnée en 993 (Gallia Christiana, t. XIII, Pars secunda, col. 149), lorsque le pape Jean XV confirma sa réunion au monastère de Lézat. Les habitants et le bourg d'Alet n'apparaissent que deux siècles plus tard. Un acte de 1193, dans le cartulaire des Trencavel, mentionne les juifs de la ville (Cartulaire des Trencavel, acte 578). Cette communauté semble avoir été relativement importante et une rue porte encore le nom de « Juiverie ». Une mention dans la Gallia Christiana et l'histoire Générale de Languedoc indique l'érection de fortifications et le creusement de fossés autour de la ville par l'abbé Pons Amiel entre 1167 et 1197 (Gallia Christiana, tome VI, p. 271 ; Histoire Générale de Languedoc, t. VI, p. 158 et t. IV, p. 422, note 76-V). Le document original ne nous est pas parvenu et aucune référence précise du texte n'est donnée : une note dans l'histoire générale de Languedoc le localise simplement dans les « Archives de l'abbaye d'Alet ». Le tracé du rempart évoqué dans ce texte, s'il était authentique, pourrait correspondre au tracé facilement identifiable sur les plans cadastraux ancien et actuel, dont la majeure partie est encore en élévation. Son périmètre de 830 m est plus ou moins bien conservé sur environ 650 m, principalement dans son état de la fin du 16e siècle. À ses extrémités orientale et occidentale, le rempart moderne, réalisé avec de nombreux remplois de l'abbaye déjà ruinée, s'appuie sur des structures plus anciennes en terre crue qui pourraient être les vestiges de la fortification prévue par l'acte de Pons Amiel et les deux portes conservées, Cadène au nord et Calvière au sud, pourraient dater de la même époque d'après les techniques de construction mises en oeuvre et le profil des arcs (petit appareil réglé en moellons équarris, arcs en plein cintre à claveaux étroits). Les plus anciennes maisons conservées sont peut-être contemporaines de l'abbatiat de Pons Amiel : cinq maisons auraient pu être construites à la fin du 12e siècle et cinq autres dans la première moitié du 13e siècle.
Les habitants s'étaient organisés en communauté disposant d'un consulat avant le milieu du 13e siècle. En 1240, après avoir soutenu les Trencavel lors de la Croisade des albigeois, un serment de soumission fut prêté par les habitants à Louis IX (BEDOS Brigitte, Corpus des sceaux français du Moyen Âge, Tome premier : Sceaux des villes, Archives Nationales, Paris, 1980, p. 45-46). Le sceau du consulat est appendu au bas de l'acte, représentant une croix pattée avec pour légende « + S. CONSULUM ELECTENCIUM ». Le contre-sceau représentait une étoile à huit rais avec pour légende « + S. CONSULUM ».£En 1285, les habitants ont acheté une charte de coutumes au seigneur-abbé pour 400 livres tournois. Les articles concernent l'organisation de la justice et du consulat, règlementent le marché ainsi que le prix des actes passés chez les notaires. Cet acte n'est connu que par une transcription de Louis-Henri Fonds-Lamothe en 1838 (FONDS-LAMOTHE Louis-Henri, Notice historique sur la ville de Limoux, Limoux, J. Boute, 1838, p. 601-614) et a pour titre « Aysso soun les priviléges de la Ciutat d'Alet ». Le terme de « Ciutat » (Cité) renvoyant plutôt aux villes épiscopales, l'acte transcrit par Louis-Henri Fonds-Lamothe est sans doute une copie, postérieure à 1318 (date à laquelle l'abbaye fut érigée en chef-lieu de diocèse), des privilèges accordés en 1285, contenant probablement une mise à jour des articles. Les consuls et les habitants avaient pour habitude de se réunir dans le cimetière Sainte-Marie pour tenir leur assemblée générale et le document de 1285 indique que les archives de la communauté étaient conservées dans l'église paroissiale Saint-André.
Un viguier représentait le seigneur-abbé auprès des habitants. Une partie de ses prérogatives avait été fixée par la charte de 1285 : il menait, par exemple, les enquêtes des affaires impliquant des habitants d'Alet. Il assistait parfois aux assemblées générales des habitants, comme en 1303 (PICOT Georges, Documents relatifs aux états généraux et assemblées réunies sous Philippe le Bel, Ministère de l'Instruction publique, collection des Documents inédits sur l'Histoire de France, Paris, 1901, p. 154-155), et sa maison se trouvait sur la place du marché (cad. B0158, 1 place de la République).
La ville semble avoir fondé une partie de sa prospérité médiévale sur la production de draps, d'une qualité pourtant peu exceptionnelle mais qui se vendaient, par exemple, sur le marché d'Arles (LARGUIER Gilbert, Le drap et le grain en Languedoc : Narbonne et Narbonnais, 1300-1789, Presses universitaires de Perpignan, 1996, vol. 1, p. 206). Le début du 14e siècle, avec le début de grands travaux pour la construction de la nouvelle cathédrale, correspond aussi à une période de construction dans le bourg, montrant encore une certaine vitalité de l'agglomération. Il n'est pas exclu que la ville et son territoire hébergeaient alors plusieurs centaines d'habitants, peut-être même plus de 2000.
Au début de l'Époque moderne, la ville apparaît diminuée et les guerres de Religion, particulièrement ravageuses dans la haute vallée de l'Aude à la fin du 16e siècle, entraînèrent son affaiblissement et sa destruction partielle à la suite des prises successives des protestants et des catholiques. L'activité constructive fut importante dès le début du 17e siècle et la plupart des maisons qui nous sont parvenues datent de cette période.£Alet a encore connu une période de prospérité grâce au développement du thermalisme. La première mention des bains d'Alet apparaît en 1818 (TROUVÉ Claude-Joseph, Description générale et statistique du département de l'Aude, avec cartes et gravures, Firmin Didot, Paris, 1818, p. 257). En 1854, Félix Maynard déplorait la ruine des bains d'Alet, mais leur nouveau propriétaire semblait désireux de les moderniser (MAYNARD, p. 4) et la découverte d'une nouvelle source en 1859 avait permis dès 1864 de porter le nombre de bains à 3000/jour contre 120 auparavant (FOURNIER, p. 69). La capacité d'accueil de la ville thermale était alors de 400 lits (que le directeur des thermes, optimiste, prévoyait de doubler), sans compter les 42 chambres de l'établissement thermal, et elle était desservie par trois liaisons quotidiennes en voiture depuis la gare de Carcassonne. L'arrivée du chemin de fer à la fin des années 1870, avec quatre allers-retours quotidiens depuis Carcassonne, a sans doute contribué à l'augmentation de la fréquentation des thermes : 75000 voyageurs ont emprunté cette ligne en 1897 (POURAGEAUX Guillaume, « Carcassonne-Quillan-Rivesaltes : la double destinée d'une ligne à voie unique », Rail passion, n° 97, novembre 2005, p. 74-87, p. 79). Le développement des infrastructures thermales, de transport et d'accueil, s'accompagnait de la création d'une salle de jeux à la fin des années 1860 et du début de l'exploitation industrielle des sources dont les eaux furent embouteillées à grande échelle dès l'agrément du Ministère de la santé en 1886. Avec le thermalisme, de luxueux chalets et villas furent construits au lieu-dit les Hortes au sud de la ville, le long de la rue de la Rouqueille entre la porte Calvière et l'établissement thermal (par exemple : le chalet Darnis (cad. C0434), la villa Castaignède (cad. C1826), la villa Lividia (datée de 1896, actuelle mairie-école, cad. C0426)).
